世界约有50种。至1991年中国约15种。叶片、叶柄及茎均为害的有早疫病，斑枯病。为害叶柄及茎基的有菌核病（Sclerotinia sclerotiorum），灰霉病（S.fuckeliana），软腐病（Erwinia carotovora sulsp.carotovora）。为害叶柄基部及根颈的有冠腐病（Phoma apiicola）。为害叶的有锈病（Pueeinia apii），细菌角斑病，细菌叶枯病（Pseudomonas viridiflava），黑斑病（Alternaria tenuis）等。为害茎基或根的有立枯病（Thana-tephorus cucumeris），猝倒病（Pythium paroecan-drum）。为害根的有根结线虫病（Meloidogyne spp.）等。为害维管束，引起植株凋萎的枯萎病（Fusariumoxysporum f.sp.apü）及贮藏病害（Mycocentro-spora acerina）和病毒病。最重要的是早疫病与斑枯病。细菌角斑病及病毒病亦值得注意。

分布很广，凡种植芹菜的地区都有发生。主要为害叶片以及叶柄及基部，种子发芽后数周开始发病。叶片上初生水渍状黄绿色斑点，扩大后为圆形或不规则形，灰褐色或淡褐色，边缘色泽较深，周围有黄晕，内部病组织呈薄纸状。叶柄及茎上初生水渍状条斑，后变暗褐色，凹陷。潮湿时，上生白霉（病菌分生孢子梗和分生孢子）。病原物是芹菜尾孢（Cercospora apii），属半知菌，丝孢目。病菌主要以菌丝体在病残组织上越冬，产生分生孢子引起初侵染，以后在病斑上产生分生孢子引起再侵染。白天温暖，夜间温度15℃左右，多露，适宜病害发生蔓延。病害控制：选用不带菌的种子，发病期间喷施波尔多液、代森锌、百菌清等杀菌剂。

世界性病害，1890年首次在意大利报道。中国最早报道于1936年。为害叶、叶柄及茎。根据叶斑大小分大斑型和小斑型。大斑型病斑直径3～10毫米，中心褐色或红褐色，边缘明显，色较深，上散生小黑点病菌分生孢子器，南方发生较多；小斑型病斑直径不超过3毫米，边缘明显，黄褐色，内部黄色至灰白色，斑内和外围丛生黑色小点，北方发生较多。病原物是芹菜壳针孢（Septoria apii），属半知菌，球壳孢目。寄主范围窄，只为害芹菜和根芹菜。病菌以潜伏种皮和病残体内的菌丝体越冬，产生分生孢子引起初侵染，再侵染频繁。主要借风雨传播，一般气温在20～25℃和多雨或潮湿的状况下病重。病害控制：选用无病种子，或播种前种子经温汤浸种处理；重病地轮作2～3年；适当密植，及时间苗，避免地面过湿和株行间不通风；药剂防治同早疫病。

对芹菜危害较大的病害，包括南方细菌角斑病与北方细菌角斑病二种，分别报道于河南和江苏。被害植株叶片上产生圆形至多角形褐斑，周围有黄色晕圈，发生多时叶片枯死，全田呈火烧状。病斑如无黄色晕圈，易被误诊为早疫病或斑枯病。病原物：北方角斑病为芹菜假单胞杆菌（Pseudomonas apii），植物细菌，只为害芹菜，25℃温度时生长最快，20℃时，侵入10～14天便发病；南方角斑病为菊苣假单胞杆菌（P.cichorii），植物细菌，除芹菜外，还为害大白菜、欧洲菊苣等其他作物，35℃时生长最快，夏季高温（31～35℃）、大雨（月降雨量达200毫米）病害急剧发生。北方角斑病菌主要在病残体或种子内外越冬，幼苗发病后通过雨水飞溅，人为农事活动等传播，气孔侵入；南方角斑病菌主要在芹菜或其他寄主植物上生存，不断为害。气孔侵入，借风雨，农事活动传播，二者远距离传播均为引种带病种子。病害控制：种子和土壤消毒；严格检查移栽苗，栽前发现病苗，及时剔除；发病初开始喷施铜制剂，包括波尔多液。氧氯化铜等，避免常施链霉素防止病菌产生“抗药性”；选用耐病品种，但在美国，对南方细菌角斑病效果不尽人意。

种类较多，但中国迄今只有南方花叶病。发生较普遍。被害植株矮化，幼嫩的叶柄向外向下卷曲，叶片呈黄绿色斑驳，绿色的部分较厚以致叶片发皱卷缩，但无坏死斑或条斑。病原物为黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus，CMV）。内有二个毒系，即芹菜南方花叶病毒和芹菜花纹病毒。寄主范围广。初侵染源来自田间许多杂草或其他寄主，在南方终年可以存在为害，传毒昆虫介体为棉蚜、桃蚜，萝卜蚜等。病害控制：采用耐病品种，从无病株留种，铲除野生寄主及收获后迅速烧毁病残体等（见瓜类病毒病）。

此外世界上还有几种病毒病但中国未有报道（见下表）。

世界上报道的几种芹菜病毒病