世界和中国均已报道20余种。叶、枝、花均为害的有灰霉病，炭疽病（Colletotrichum sp.）。为害叶或主要为害叶的有红斑病、轮纹病（Cercospora paeoniae、Pseudo-cercorpora variicolor）、灰斑病（Pestalotiopsis paeoniae）、斑点病（Phyllosticta commonsis）、锈病（Cronartium tlaccidum）、白粉病（Erysiphe paeoniae）。为害枝干的菌核病，枝枯病（Pestalotiopsis paeoniaiicola）等。主要为害茎基或根的有立枯病，基腐病（Thanatephorus cuccomeris），白绢病（Athelia rolfsii），白纹羽病（Rosellinia necat-rix），紫纹羽病（Helicobasidium mompa），根朽病（Armillariella mellea），镰刀菌根腐病（Fusarium spp.），根结线虫病（Meloidogyne halpa，M.arenaria，M.incognita）等。病毒病中有斑驳花叶病（PRV），轮纹毒病（TRV）和曲叶病（PLCV），类菌原体病中有绿瓣病等。较重要的是红斑病、菌核病及灰霉病。局部地方病毒病亦应注意。

又称叶霉病。分布普遍。叶片上形成不规则大斑，中央淡黄褐色，边缘紫褐色，有褐色轮纹，严重时汇合成片，整叶焦枯，叶背面常有暗褐色霉（病菌分生孢子梗和分生孢子），叶缘发病时扭曲变形。茎，萼片，叶柄均可被害。病原物为牡丹枝孢（Cladosporium paeoniae），属半知菌、丝孢目。除牡丹外，还为害芍药。病菌以菌丝体在病组织及病残体上越冬，多从伤口侵入。20～24℃时潜育期5～6天。借风雨传播。病害控制：要秋季彻底清扫落叶，冬季清园；施肥注意氮磷钾合理配比；壅土不宜触及叶基；浇水避免叶片滞留水滴，及时剪除病叶；发病期间喷施多菌灵、百菌清、朴海因等杀菌剂。

又名茎腐病，使茎基或茎中部出现水渍状褐色腐烂，后呈灰白色，病茎内外有黑色鼠粪状菌核。病原物为核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum），属子囊菌，柔膜菌目。寄主范围很广（见油菜菌核病）。病害控制：应更换病土重新种植；剪除病部以及喷施氯硝胺，苯咪唑类农药或硫磺粉等；合理栽植，施肥，保持株间透光，及时剪除枯枝；生长期间发病，喷施多菌灵、速克灵等杀菌剂。

在栽培牡丹的大中城市均有发生，造成死苗、花腐、叶枯。被害幼苗茎基腐烂，变褐倒伏；花芽变黑，花瓣枯萎，盛花期可使整朵花褐腐；叶片上形成不规则形或圆形褐斑，边缘色深，潮湿时病部均生灰霉（病菌分生孢子梗和分生孢子）病原物为富克尔核盘菌（S.fuckeliana）。病害控制同红斑病。

斑驳花叶病呈浓淡相嵌的同心轮纹斑，病原物环斑病毒（Peony ringspot virus，PRSV）粒子球形，蚜虫传播。轮纹毒病呈褪绿环斑或轮纹斑，有时不规则形，植株矮化，病原物为烟草脆裂病毒（Tobacco rattle virus，TRV）粒子球形，汁液、线虫、菟、种子都能传播。曲叶病的病株明显矮化，株高仅正常的1/2，下部枝弯曲，叶卷曲，枝条细弱，病原物为曲叶病毒（Paeonia leaf curl virus，PLCV），借嫁接传播。