根据植物病害的致病原因、发病规律、病害循环的特点，而采用的化学防治方法。通过使用杀菌剂以阻止病原生物的繁殖及控制接种体生成，控制初次或再次侵染源，阻断病原物的传播，防止病原物在侵染点侵入寄主，以及在已发病的植株上用化学药剂治疗等都是化学防治途径。目的是以最有效的杀菌剂，最少的使用次数和最低剂量，简便的使用方法达到最佳的防治效果。杀菌剂使用方法有种苗处理、土壤处理、叶面喷洒、浸渍、熏蒸等。

携带病原物的种子、苗木及其它繁殖材料，经过药剂处理减少初次侵染源。对只有初次侵染的病害防病效果比较明显，对有再次侵染的病害，种苗处理不能达到彻底防治目的。种苗处理具有用药量少、植物处于休眠状态，对较高浓度药剂抵抗力强、集中处理环境污染小等优点。早期主要以植物汁液或酒浸渍种子，1907年法国学者普雷沃斯特（Prevost）发现低浓度的硫酸铜具有抑制黑粉病菌孢子萌发的作用。1910年开始以氯化汞拌种防治谷物雪腐病，1931年氯酚羟基汞问世，开始广泛用有机汞处理种子。1937年四氯对醌、1945年六氯苯用于谷物拌种，这些种子处理药剂的发展推动了种苗化学处理，成为很多重要病害防治重要手段。1966年后由于内吸性长效杀菌剂的发展，种苗处理的防病范围扩大，药剂处理种子不仅能消灭种苗外表粘附的病原物，还能抑制内部的病原物，并可使幼苗免受土传病菌侵害。如萎锈灵拌种防治小麦秆黑粉病、棉花立枯病等。亦可利用其内吸及在幼苗体内的残效而保护幼苗期不受气流传播病害的侵害，如乙菌定（Mitstem）拌种防治大麦白粉病。长期以来由卵菌引起的系统性病害，采用化学防治无效，自乙酰基丙氨酸类杀菌剂问世后，这类病害的防治也迎刃而解，如以甲霜灵拌种防治谷子白发病。种子处理有浸种、拌种和湿润拌闷。①浸种。以一定浓度的药液浸渍种子或浸沾苗木，浸渍时间随药液的浓度和温度不同而调整，一般药液浓度高、温度高浸种时间短，反之则延长浸渍时间。②拌种。根据种子量折算所用药剂（粉剂或糊剂）的用量，一般在专门的器械内均匀拌和药粉，使每粒种子表面均匀沾布药剂形成“包衣”。近年来还开发了种衣剂。③湿润拌闷。又称半干法即用少量的较高浓度药液，均匀喷洒于种子表面，而后加覆盖堆闷一定时间后再播种。

用化学药剂处理土壤，利用药剂的毒力直接杀死或抑制病原生物或改变土壤的酸碱度，使不利于病原生物的生长繁殖。内吸性药剂在土壤中经根部吸收后，进入植物体内并传导至地上部位，控制植株不受气流传播病菌的侵染。根据用药时间分为播前使用、播时处理和植物生长期处理。处理方法有浇灌、毒土、及专门的施药工具注射等。药剂处理受土壤类型、理化性质、微生物作用等多种因素的影响，因此必须从病原生物、药剂、土壤等全面考虑。土壤处理剂中有一类是利用药剂的熏蒸作用，其蒸汽压比较大，进入土壤后，在一定的温度条件下，挥发成气体在土壤颗粒中扩散，从而增加药剂与病原生物的接触，达到杀菌目的。如不饱和卤代烃、有机硫、异硫氰酸酯等。有的杀菌剂由于杀菌谱及本身的理化性质，很适宜于土壤消毒，如五氯硝基苯对土传丝核菌有特效，敌克松易受紫外光分解，进入土壤后较稳定，且对丝囊霉、腐霉菌有特效。恶霉灵在土壤中经微量元素活化，植株内吸后对土壤传染的腐霉菌、镰刀菌、丝核菌有特效。当然，长期单一的使用某种药剂，也会导致土壤微生物区系发生变化，如土壤长期使用苯菌灵后导致链格孢属的上升。

主要针对气流和雨水传播的病害。药剂加水配成一定浓度的药液均匀喷洒于植株上，起保护和治疗作用。有喷雾和喷粉。在喷雾中根据用药量、使用器械的压力、雾点大小又分常量喷雾、低量、超低量喷撒法。喷粉法由于粉尘对空气、环境和喷药人员的毒害，已日趋减少使用。喷洒的时间和次数依据药剂的特性和病害的特点而确定。保护性杀菌剂要根据病害预测预报，控制在病害发生前或少量中心病株出现时应用，有多次侵染的病害喷药数天后由于新长出的叶未能受药，所以一定时间后需继续用药。内吸性治疗剂由于在植株体内可再次分配，喷药次数可根据药剂在体内的残效而决定。为了确保农产品的安全，每种药剂应确定最后一次喷药至产品收获期之间的间隔期，以控制农产品中农药的残留量在国家标准允许范围之内。适用于叶面喷洒的杀菌剂的剂型有可湿粉、胶悬剂和乳油。

在热源的作用下，药剂挥发，或在药剂中加入发烟剂、燃烧剂使其燃烧产生烟雾。用于防治温室、塑料大棚内的叶部病害、林区的树木病害。

果品收获后贮藏前的处理，以杀菌剂浸渍、喷淋果品或药剂处理果品包装纸等方法以控制贮藏期病害的发展。

此外还有：果树树干病害先以刀刮治，而后再涂以药剂，冬季果树主干涂以白涂剂以减少冻害和杀死树干上的越冬病原物；类菌原体引起的木本植物病害用抗菌素液注入树干中，有的还可加压灌注等。