来自越冬或越夏场所的病原物接种体在生长季节中第一次引起寄主发病的过程。初侵染接种体有多种类型，如真菌的各种孢子、菌核或部分菌丝体，细菌细胞，病毒粒子，寄生性高等植物的种子以及线虫二龄幼虫或成虫体等。它们来自越冬（或越夏）场所的病残体、野生寄主或转主寄主、多年生病株以及土壤或粪肥中、种苗内外和介体生物上。

当生长季节开始时，能顺利越冬（或越夏）的病原物，经传播或传染，仅少部分接种体能接触到寄主的感病部位，在适宜条件下，通过寄主体表面各种伤口、自然孔口或直接穿透侵入，引起第一次侵染，导致寄主个体发病。病原物在初侵染过程中，以温度和湿度的综合作用影响孢子萌发、侵入速度和数量等。如条形柄锈菌最适侵染温度为7～10℃。小麦叶片表面湿润持续时间愈长，愈有利于夏孢子的萌发，可根据结露、有雾或降雨以及气温变化等环境条件预测病菌的侵染率，作为病害的测报根据之一。孢子从萌发到侵入前这段活动期间，自身还暴露在寄主体外，尚未从寄主体内获得养分，是病菌薄弱环节，也是药剂防治的有效期。锈菌经气孔侵入与麦株建立寄生关系，麦株即发生一系列保卫反应。锈菌能否在麦株体内顺利扩展，取决于锈菌的毒力和麦株的抗性水平以及环境条件的配合。顺利引起发病的，则在病部产生孢子堆和孢子。

病原物完成初侵染后，病菌扩展或繁殖，如产生子实体，细菌细胞和病毒粒子等，导致种群数量增加。病原物所产生的大量接种体，有的种类立即再行侵染同种寄主植物的健株和健部，引起寄主群体发病，有的种类则进入越冬（或越夏）阶段，成为下一生长季节的初侵染源。在同一个生长季节中，病原物仅引起初侵染的病例，大多要求从寄主个体发育某一阶段的一定部位侵入，并在生长季节末才产生繁殖体。如小麦腥黑粉菌，从小麦的幼苗芽鞘侵入，有的缺再侵染的夏孢子阶段，如梨胶锈菌。也有的由于环境条件不适宜，如畸形外囊菌初侵染引起发病后所产生的子囊孢子，正处于春末夏初，气温升高，不利于子囊孢子再侵染。在病害循环中，病原物仅引起初侵染的，则初侵染接种体的数量和侵染效率，就确定了当年病害发生的轻重。