分离纯化后的病原物应在代谢活动最低的条件下保存，以延长其生命并保持原有性状。不同种类病原物的保存或贮藏方法虽有差别，但都要求尽可能延长其存活期，且不引起性状的改变。通常采用的措施有减少营养成分，降低温度和湿度，隔绝氧气等。从贮藏期的温度来分保存方法有室温（10～20℃），低温（0～－20℃）和超低温（－60～－196℃）保存等，温度愈低，存活期愈久。一些真菌菌丝（如腐霉
分离纯化后的病原物应在代谢活动最低的条件下保存，以延长其生命并保持原有性状。不同种类病原物的保存或贮藏方法虽有差别，但都要求尽可能延长其存活期，且不引起性状的改变。通常采用的措施有减少营养成分，降低温度和湿度，隔绝氧气等。从贮藏期的温度来分保存方法有室温（10～20℃），低温（0～－20℃）和超低温（－60～－196℃）保存等，温度愈低，存活期愈久。一些真菌菌丝（如腐霉，疫霉）0℃以下易冻死，通常在5～10℃中保存。贮藏期的湿度若在室温下贮藏要求较高的湿度，低温下贮藏要求尽可能的干燥。充足的氧气有利于病原物的生长，不利于菌种保存或贮藏，因此最好在真空条件下贮藏。通常采用的病原物菌种保存方法如下：
许多真菌，放线菌和细菌的斜面培养，在室温条件下，可以保持生活力达1～3个月。要求清洁无尘无螨的玻璃橱，每隔2～3个月重新移植一次。但经常移植，病原菌一直处在生长状态。有些性状易发生变异，最常见的如致病力的丧失或减弱。降低培养基中碳源和氮源的含量，可减少或延缓病菌性状的变异。在斜面上注入灭菌水或灭菌的矿物油（液体石蜡）隔绝菌体与氧气的接触，可有效地抑制病原物的新陈代谢，在冰箱中贮存，可保存1～2年。
多数细菌，尤其是假单胞菌和欧文氏菌，可以在灭菌的15%甘油或水溶液中存活较长，一些真菌的菌丝或孢子，在水液中存活的时间长达几个月。这些病原物的纯培养可置于灭菌水中保存。
真菌和放线菌的孢子或菌丝体混合在颗粒很细的灭菌土壤或河砂中，完全干燥后密封保存。细菌用脱脂牛乳配制成悬浮液，或与灭菌后经冰冻处理的硅胶颗粒（6～20目）混合，干燥后放在具螺盖的试管中，在低温下保存，复苏时只要取出几粒硅胶放在培养基平板上即可长出菌落。
病原物细胞经常规冷冻处理时，在细胞内形成冰的结晶，随着细胞内电解质浓度的升高，蛋白质和核糖核酸均会失水而变性，使细胞活性受损。快速冷冻干燥是使病原物细胞迅速冷冻，通过减压，细胞内水分升华而快速失水，病原物细胞不受损害。真菌的孢子或细菌细胞放在血清或脱脂牛乳等保护剂中，置安瓿瓶内经真空干燥后密封，在低温冰箱内一般可保存5～10年。冷冻真空干燥是当前各国普遍采用的一种菌种保存方法。
病原物经预冷（－40℃）处理几小时后移放在液氮中，可以较长久地保存，液态氮的温度为－176～－196℃。一些不宜经常移植或反复冻融的真菌和细菌，在液氮中保存既安全又方便。
大多数植物病毒经纯化后接种在繁殖寄主上，发病后采集病叶剪碎，铺放在垫有硅胶或无水氯化钙作干燥剂的培养器中，先在低温下经3～4天干燥后再放在两端盛有干燥剂（硅胶颗粒）的指形管中，密封后在低温冰箱中，可保存病毒的活性达5～10年。
所有的专性寄生物，目前只能接种在寄主植物活体上保存。有些高大寄主或木本植物较难培养保存，可接种在试管苗或组织培养的材料上保存。
为了研究需要又便于学术交流，各国都设有专门保存菌种和微生物或病原物的机构。在中国，病原真菌、病原细菌和病毒的保存中心是中国科学院微生物研究所，病毒的另一个保存中心是在武汉大学的病毒研究所。有条件的农业院校和科研机构也保存很多病原物的菌种。在国际上，比较有名的如美国模式菌种保藏委员会（ATCC，USA），英国典型菌种收藏所（NCPPB，UK），日本东京大学应用微生物学研究所（IAM，Japan），法国标准微生物收藏中心（CCTM，Lille）和巴斯德研究所（IPL，France），新西兰菌种保藏所（PDDCC，New Zealand），荷兰的真菌菌种收藏中心（CBS，Netherland），俄罗斯微生物收藏馆（INMI，Moskow）等。
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