渔业环境管理的重要组成部分和基础部分。间断或连续地对渔业环境中的污染源与污染物浓度进行的系统性观测和分析。

渔业水域受污染的空间有局部的、区域性的、大范围的甚至全球性的；污染影响的时间有短期的和长期的，污染的反应有急性、慢性和潜在性之分。因此，在渔业水域内应设置监测点，组成监测网，进行污染监测。中国渔业部门于1985年建立了全国渔业环境监测中心及海区（包括渤黄海区、东海区、南海区）和流域（包括黑龙江、长江中上游、长江下游、珠江）以及部分省市渔业环境监测站，在全国形成了一个三级渔业环境监测网。各监测站的任务是对所管辖区域内的重要渔业水域的环境开展监测工作。

主要有三方面：①评价渔业环境质量，预测渔业环境的发展趋势和对于水产资源及水产品质量可能造成的危害。②为制定渔业环境法规、标准、规划及防治对策提供科学依据。③为渔政部门执法和管理提供可靠依据。如对污染造成的渔业损害提供赔偿依据。其根本目的是为了保护渔业水域的生态环境和水产资源。通过渔业环境监测强化管理，促进污染的治理和渔业环境的改善。

渔业环境监测方法按监测的手段分，有物理监测、化学监测和生物监测，近年来又增加了航空遥感和卫星监视等新的监测手段。物理监测是对渔业水域的水文、气象、潮汐、海流等因子的测定；化学监测是对渔业水体中的污染物种类、浓度等水质情况的定性定量化学分析；生物监测是利用生物对于环境污染物的反应所产生的信息，如群落和种群的变化、畸形、毒物残留、受害症状等来判断渔业环境的污染状况及渔业生物的受害程度。按渔业环境监测任务的紧迫程度，可分为应急监测和常规监测两种。应急监测是对突然发生的重大污染事故以及由此造成大量渔业生物死亡事件的紧急监测，必须及时对事故发生的原因，包括污染源、污染物种类、数量、浓度、污染范围等以及对渔业造成的损害，包括死亡数量、危害程度、经济损失等进行现场调查和取证。常规监测是在调查研究的基础上，以保护水产资源为出发点，在重要渔业水域，如主要经济渔业资源的产卵场、孵化场、索饵肥育场、越冬场、养殖场等进行定期、定点的经常性监测，随时掌握渔业环境的现状和变化趋势。