国家渔业行政主管部门的一项基本职能。它运用行政、法律、经济、科学技术和宣传教育等手段，协调社会经济发展同渔业环境保护之间的关系，防止渔业环境恶化，保护鱼类及其他水生生物资源，维护生态平衡。

随着工农业生产的发展，渔业水域污染日益严重，直接危害渔业生物的生存和繁殖，危害人类健康。因此，渔业环境管理问题已越来越引起世界各国的重视。许多国家成立了渔业环境保护管理和科学研究机构，制订保护渔业水域和渔业资源的法规，制订有关水质标准、排放标准和食品卫生标准。规定了渔业水域中有害物质的容许浓度，对污染源进行严格的管理和治理。美国、加拿大、英国、法国、前苏联、日本等主要的工业国家都设立处理渔业环境保护问题的管理部门，很多渔业、海洋、生物研究所和大学都进行了大量与渔业环境保护有关的科学研究。一些国际组织如联合国粮农组织、环境规划署、自然和自然资源保护联盟等也都十分重视渔业环境保护问题，并召开过有关的国际会议，呼吁全世界重视保护渔业水域环境和水生生物。一些国家由于重视渔业水域生态环境的保护，使原来已遭破坏的渔业水域环境得到改善，渔业资源逐步恢复。中国在国家渔业行政主管部门内设有负责渔业环境保护工作的机构，地方渔业行政主管部门负责本区域的渔业水域环境保护工作。渔业环境管理属于专业环境管理的范畴。管理的范围主要是渔业生物所栖息的天然或人工水域环境，管理的领域具有高度的综合性和广泛性，涉及到社会、政治、经济、自然科学等方面，并涉及到工矿、农林、交通、卫生、食品、司法、宣传等有关行业和部门。已开展的渔业环境管理工作有：对主要渔业水域污染的现状进行调查；组织制定《渔业水质标准》和《渔业水质检验方法》；建立渔业环境保护科研机构并组建全国渔业环境监测网；开展珍稀水生动物的保护工作，建立水域自然保护区和保护站。

渔业环境管理还必须同渔业生产的经济计划紧密结合，同水产资源的开发、利用和保护相结合，主要内容有以下几个方面：①贯彻执行国家关于环境保护工作的方针和政策。②渔业环境保护工作计划的管理。包括制定渔业环境保护工作规划和年度计划。③组织制定国家和地方渔业环境保护法规条令。④渔业水域环境质量的管理。主要是组织制定各种渔业环境质量标准和技术标准；组织开展渔业水域环境监测工作；组织调查、评价渔业水域环境质量状况以及预测其变化趋势。⑤渔业环境保护科学技术的管理。包括确定渔业环境保护科学技术政策，组织渔业环境保护科学技术研究工作和咨询服务；组织国内和国际间的科技合作与交流等。

包括以下五个方面。

行政管理手段

国家和地方各级政府及其渔业主管部门为保护渔业环境而采取的行政手段。主要是研究制定渔业环境保护政策，组织制定和检查渔业环境保护计划；运用行政权力，调查并处理渔业水域污染事件；采取行政制约手段，审批渔业水域环境影响报告书；组织制定珍稀水生动植物保护名录和划定水域自然保护区。

法律手段

进行渔业环境管理的强制性措施。按照国家和地方渔业法规、环境保护法规和环境质量标准来处理渔业水域环境污染和水产资源破坏问题，对污染和破坏渔业水域环境的单位和个人，按有关规定给予批评、警告、罚款，或责令赔偿损失；协助和配合司法机关对污染渔业水域环境的违法行为进行处理，协助进行法律诉讼和仲裁。

经济手段

渔业环境管理的一种重要手段，对积极开展渔业环境保护工作的企业、事业和科研单位给予必要的资金援助和技术帮助；对不执行国家有关规定的单位和个人给予经济上的制裁。

组织推广切实有效的渔业环境保护管理经验和先进的科学技术成果，以及采用先进的环境监测仪器设备等；组织交流国内外有关渔业环境保护的科技情报，开展国际间的渔业环境保护科学技术合作。

在运用上述各种手段的同时，开展宣传教育工作，主要是利用书报、期刊杂志、电影、广播电视、展览会、专题讲座和学术报告会等多种形式，向社会和公众宣传渔业环境保护工作的重要意义和国家有关的方针、政策、法规条令等等，进行渔业环境保护科学知识的普及工作；在有关的高等院校、中等专业技术学校和科研单位培养渔业环境保护管理人员和科学技术人员；对各级渔业环境保护部门的在职干部进行轮训，举办各种技术训练班。