中国古代的生物资源保护曾有一套较为完整的理论、机构和法规，并取得过相当的成效。但随着历史的发展，生物资源的保护逐渐失去了控制。

人们在反复的实践中认识到对生物资源的正确利用即所谓“用养结合”的重要性和必要性。先秦古籍如《礼记》、《国语》、《左传》、《管子》、《孟子》、《荀子》、《吕氏春秋》等著作中都有保护山林川泽的生物资源、“以时禁发”的论述。如孟子（公元前372～前289）指出齐国东南的童山濯濯，即由于“斧斤伐之”和“牛羊又从而牧之”带来的结果。他认为要利用生物资源首先应保护好资源：“苟得其养，无物不长；苟失其养，无物不消。”对生物资源的采收必须有节制、有定时，指出：“数罟不入洿池，鱼鳖不可胜食也；斧斤以时入山林，林木不可胜用也。”齐桓公的相管仲（？～前645）认为：“为人君而不能谨守其山林菹泽草类，不可以为天下王。”他归纳人君应抓的治国“五事”中，第一事就是山泽保护：“山泽不救于火，草木不植成，是国之贫也。”他提出自然界中人和动植物之间处于相互平衡的观点，认为这是客观的法则：“人民、鸟兽草木之生物虽甚多，皆有均焉（均即平衡），而未常变也，谓之则。”荀子（约公元前313～前238）继承管仲的生物资源保护思想，发展为“制天命而用之”的思想，这是一种在遵守自然规律的前提下，利用自然资源的积极思想，其典型的论点是：“草木荣华滋硕之时，则斧斤不入山林，不夭其生，不绝其长也。鼋鼍鱼鳖鳅鳣孕别之时，罔罟毒药不入泽，不绝其生，不绝其长也。……污池渊沼川泽，谨其时禁，故鱼鳖优多，而百姓有余用也。斩伐养长，不失其时，故山林不童，而百姓有余材也。”继管子、孟子、荀子以后，《吕氏春秋》系统记录了古代山林采伐禁发的原则和法令。该书的“十二纪”中按四季逐月提出具体的以时禁发的标准。如仲春二月：“是月也，无竭川泽，无漉陂池，无焚山林。”季夏六月：“是月也，树木方盛，乃命虞人入山行木，无或斩伐。”到仲冬十一月：“日短至，则伐林木，取竹箭”，“山林薮泽，有能取疏食、田猎禽兽者，野虞教导之。”以后到汉代的《淮南子》中则更为完备地归纳了前人关于山林川泽生物资源保护和利用的要点：“故先王之法，数不掩群，不取麇夭。不涸泽而渔，不焚林而猎，豺未祭兽，不得布于野，獭未祭鱼，罔罟不得入于水……草木未落，斧斤不得入山林，昆虫未蛰，不得以火烧田。孕育不得杀，孵卵不得探，鱼不长尺不得取，……是故草木之发若蒸气，禽兽之归若流原，飞鸟之归若烟云，有所以致之也。”

与先秦政治家、学者这种保护生物资源的理论相适应，历代都设有特定的官员和机构，负责山林川泽的资源保护和利用。其称呼因朝代而不一。周代称虞衡，《尚书·舜典》：“虞，掌山泽之官”，即舜任命伯益为山林水泽资源保护的官吏。春秋战国时称虞人或虞师。先秦的虞衡有山虞、泽虞、川衡、林衡的区分。山虞负责制定保护山林资源的政令，林衡为山虞的下级机构，具体负责巡视山林、执行禁令，调拨守护林麓的人员，考察他们的成绩，赏优罚劣。泽虞与山虞相似，川衡与林衡相似，是专管水生生物资源的。“修火宪（防火法规），养山林薮泽草木鱼鳖百素，以时禁发，使国家足用而财物不屈，虞师之事也”，“獭祭鱼，然后虞人入泽梁”，“草木方盛，乃命虞人入山林，毋有斩伐。”虞衡的职称到秦时改“少府”，三国曹魏的“虞曹”，隋唐及宋在工部下设虞部（虞衡司），明清在工部下设虞衡清吏司，到清末始废。像这样持续3000多年的生物资源保护和开发利用的机构，为世界所罕见。但虞衡的职司历代也有所变化。主要是对自然界山林川泽的管理减弱、放松，新增了为统治阶级直接服务的内容。如唐宋以后的虞衡除了掌握山林川泽政令以外，还兼负责京城街道绿化种植，帝王苑囿管理，王室狩猎安排，皇宫内苑的柴炭供应，马、牛、驼、羊的饲草供应等。据《明史》工部虞衡司的记载，虞衡司只管“帝王、圣贤、忠义、名山、岳镇、陵墓、祠庙有功德于民者，禁樵牧”。而“凡山场、园林之利，听民取而薄征之”。这时把生物资源完全向百姓开放，只征收薄税。

配合虞衡职司的是一定的惩罚法令。如《周礼·地官》中规定庶民不植树的，死后不许用椁。“凡窃木者，有刑罚”。注曰：“天之生物有限，人之用物无穷。若荡然无制，暴殄天物，则童山竭泽，何所不至！刑罚之施，至是不得不行。”《礼记·曲礼》中对国君、大夫、士的狩猎活动都有具体限制：国君春田不能采取合围猎场的办法；大夫不能不分野兽的老幼，全群猎杀；士不能拿走鸟巢中的小鸟和鸟卵，以保证鸟兽类的正常繁殖。也有开禁容许渔猎的时候，但都要按规定的季节进行，如《礼记·王制》规定正月獭祭鱼后可以下水捕鱼；九月豺祭兽后可以猎兽；八月鸠化鹰后可以张网捕鸟；冬季草木零落之后才可进山砍伐树木；昆虫蛰伏以后才可以烧草肥田。这些规定具有法律的效果。1975年湖北云梦出土的秦代竹简，其中的《田律》包含有由国家颁发的生物保护法的内容，《田律》中规定每年从二月起，不准进山伐林，不准堵塞林间水道，不准入山采樵和烧草木灰，不准捕捉幼兽、幼鸟和掏鸟卵，不准毒杀鱼鳖，不准设置诱捕鸟兽的罔罟和陷阱。以上禁令至七月解除。历代皇帝还屡屡颁布诏令，如西汉宣帝元康三年（公元前63）夏六月诏：“令三辅毋得以春夏摘巢探卵，弹射飞鸟，具为令。”宋太祖建隆二年（961）二月下禁采捕诏规定，春二月一切捕捉鸟兽鱼虫的工具皆不得携出城外，不得伤害兽胎鸟卵，不得采捕虫鱼，弹射飞鸟，以此永为定式。地方官吏也有保护益虫益鸟而在当地布告禁令，如“马裕斋知处州，禁民捕蛙”，“浙人喜食蛙，沈文通在钱塘日，切禁之”。

生物资源的保护理论认识、法规禁令等，在先秦时期得到重视。秦汉以后，控制日见松弛，生物资源特别是森林的失控日趋严重。这是因为周代的各邦国都是周天子所封，其所领土地名义上为天子所有，实际上由诸侯自理，属国君私有。各国都认.为“山泽林盐，国之宝也”。战国时虽然各国也都有滥伐森林的事例，但因当时原始森林还很丰富，交通不便，破坏的半径有限，同时各国对山林保护的执法也较严，所以问题并不严重。秦始皇统一全国以后，山林川泽生物资源归天子一人私有，反而鞭长莫及。从汉经三国两晋至南北朝，豪族侵占山林川泽之事，层出不穷，国家无力执行禁令。而且从南北朝至元代，历代统治者反而屡次颁发诏令“罢山泽之禁”，“与民共之”。由于国家的放任政策，森林及生物资源的破坏加快了。明清两代还实行抽分竹木赋税，百姓采伐竹木愈多，政府所抽分到的竹木也愈多，以致所抽分的竹木，往往堆积朽坏。

历代不时出现重大的破坏生物资源的事件，直至统治阶级出来禁止才得到遏制，但有些破坏造成的生态环境恶化是无法补救的。明朝永乐（1403～1425）年间，土豪劣绅勾结奸商以贩运旧木和供应造办为名，盗伐五台山山林，伐木者“千百成群，蔽山罗野，斧斤如雨，喊声震天”，砍尽平地林木后又伸向深山。结果99%以上的山林被砍。直到万历皇帝时下令，不论新木旧木一概不准变卖，也不得借口“造办”再行砍伐，进山盗林者立即捕获严办，才保留下一部分残林。

历史上凡首都所在地因人口集中，生活需求繁多，周围的生态环境必然导致破坏。据《明经世文编》记载，北京周围松林之稠密，从林中道路只能容一人骑马行进。可以想象，山茂必然水盛，钓鱼台、玉渊潭、金鱼池曾常年泉水涓涓。因生态环境优美，故明初迁都北京。建都之始土木工程所耗木材可想而知，当时仅一个易县柴厂即有民夫几千人从事采薪烧炭。北京冬寒时间长，故宫每日取暖用木炭，规定皇帝敞开供应，皇太后120斤，皇后110斤，皇贵妃90斤，贵妃75斤，公主、皇子、皇孙各有定额。仅是皇室一天的取暖消耗，即需毁掉一片森林，官家、民间尚不在内。明清两代500多年下来，生态环境受到巨大破坏。杭州的万松岭在唐朝时是名符其实的夹道松林，白居易《湖上夜归》诗云：“万株松树青山上，十里河堤明月中。”即指的万松岭。南宋迁都杭州（临安），在山下修建了南宋皇宫，俨然人间仙境，到元灭宋，即遭到大破坏。清雍正（1723～1735）时曾补植万松，以还旧观，到清末又归消失。

导致森林及生物资源破坏的因素极多，计有耕地垦辟、金属冶炼、建筑用材、燃料薪炭、山泽动植物资源开发、田猎烧山以及战争破坏、自然灾害等，集中于一点则是人口的压力。人口增殖要求开发资源（包括粮食生产）的速率大于人口的增长速率，人口的繁衍才有保证，而资源增长速率超过人口速率又进而促进人口增殖，成为一种恶性的循环。

中国在西周前的人口估计约1000万，到明洪武二十六（1393）年增至6000万，经历了2400来年。而从6000万翻一番到1.4亿只经历了344年（清乾隆六年）。从1.4亿增至4亿则不到100年。唐宋以后经济重心南移，北方虽遭到破坏，南方则有待开发，南方的开发以水稻为主，稻谷的单位面积产量高出粟麦一倍以上，可以养活更多的人口，南方人口在唐宋以后开始超过北方，长江流域及其以南的人口激增，从而加速了森林的破坏。汉朝至两晋时期，南方基本上还处于所谓“楚越之地，地广人希，饭稻羹鱼，或火耕而水耨”的粗放经营时期，原始森林及资源还保留得较好。如东晋诗人谢灵运（385～433）的《山居赋》（浙北会稽地区）中描述当时会稽山地的兽类还有猨、、狸、獾、麕、麇、猛、熊、犲、虎、羱、犴、獌等，说明当时山林并未充分破坏，动物资源丰富。随着会稽地区的开发，森林的加速破坏，到清代的绍兴（即会稽）地区已经“无森林之可言了”。

唐朝的诗歌中反映出长江流域的大量开发。畬田是汉族对少数民族刀耕火种的称呼。人口增加迫使畬田加紧开发，畬田是抛荒类型的耕种，畬田的发展，加重了毁林和水土流失。人口的继续增长又迫使畬田走向新途径——梯田，梯田用等高作畦的办法，改变了畬田的顺坡种植，既大大减少水土流失，又可以蓄水，耕田种稻，从而把抛荒式的畬田改成永久性可以连年种植的农田。梯田的增加，正如所说：“盖田尽而地，地尽而山。”畬田还有抛荒还林的时候，而梯田的兴建就使林木一去不复返了。

耕地扩大的另一途径是向水面要田，发展（围田）。初期的圩田对于增加水稻产量起了很大的作用，但是圩田发展到南宋以后，陷入盲目围垦，加以统治者为了漕运畅通而不惜破坏圩田水系，暴露出围田与治水、灌溉和漕运的种种矛盾，以至塘浦紊乱，水系破坏，而水面的缩小，降低了蓄洪能力，水旱失去保障。这是不同于山林破坏的另一种生态环境恶化。

清代从康熙到乾隆（1644～1795）的100多年时间里，是中国历史上相对稳定繁荣的时期。北方农业的恢复发展和南方农业的进一步开发，为人口的爆炸性增长创造了条件，清末1834年人口终于达到4亿，奠下了一个庞大的基础，使此后的人口摆脱不了这一沉重的负担。明末清初从国外传入高产的粮食作物玉米、甘薯和马铃薯，因它们不能与稻麦争地，于是转向山区发展，特别是玉米和甘薯在山区的扩展甚快。玉米、甘薯是由各地无地、破产的农民携带着进入偏僻的山区、毁林开垦发展起来的。玉米、甘薯在山区的种植，解决了流民的粮食、生活问题，缓和了人口压力，平息了政治动乱。但是森林资源所遭破坏的价值，远远超过所种粮食的价值，而且垦荒造成的水土流失还严重影响了山下农田的正常生产，这在清朝的地方志中都有充分的反映。既表明了玉米、甘薯、马铃薯已深入山区，也反映了山区生态资源的破坏。

另一方面，农业（特别是粮食）的发展也丰富充实了人工种植、饲养的作物和禽畜的品种资源，这些丰富的品种资源并非人工“创造”出来，而是从自然界的种质基因中分离重组而培育出来的。他们的推广繁殖也不可避免地淘汰、灭绝了一些原先存在的种质资源，这种种质资源的消失是不可挽回的。如方志中介绍的一些水稻地方品种中有些特别适于煮粥的（称“薄十分”），有些糯稻的茎秆特别适于织草鞋的等等，因现在生活习惯方式改变而趋于淘汰。有些品种因产量低被淘汰，但它们的其他优点如抗病、品质优良、抗逆等性质也随着被淘汰。随着生活习惯的改变，许多作物的种类也起了变化，古代非常普通的蔬菜葵，现在只剩极少数地方种植。古代的菰米、薏苡都是普通的粮食，现在菰米已消失，薏苡退居药用或副食品的地位。现在发掘、寻找新的作物，往往即是古老已淘汰的作物，因其新的营养价值被发现而又重新得到提倡和重视。如魔芋、苋米等。家畜方面也是同样，例如宋代盛行斗鸡，出现了专门的斗鸡品种，现在几已绝迹，但现代需要肌肉发达的肉用鸡，则斗鸡无疑是一种宝贵的、可供杂交培育肉用鸡的种质资源。