元代（1271～1368）农业承袭金和两宋的成就，南北都继续有所发展，的程度进一步提高，蒙古地区的畜牧经济则有明显发展。

蒙古族原以游牧为生，在辽、金时犹处于奴隶社会后期。在灭夏灭金过程中杀戮人口，抑良为奴，对农业生产造成严重破坏。成吉思汗占领了金的中部（今北京）之后，为增加税收，供应军需，采纳了契丹人耶律楚材建议，中原地区传统农业生产的格局才得以保持。1251年蒙哥即汗位，派忽必烈治理漠南，随着蒙古社会向封建社会过渡，开始重视发展农业。及忽必烈即位，制定了发展农业的政策，提倡“地利毕兴”，鼓励蒙古人在牧养驼、马、牛、羊之外，广种庄稼，并在蒙古地区实行屯垦，提高了畜牧经济水平，促进了农业经济的发展。及灭南宋，结束了唐末五代以来中国长期割裂的局面，在辽、金的开拓和两宋发展的基础上，南北交流，范围扩大，文化、经济都有所发展，农业科学技术也有明显进步，著名的元代三部农书——都是南北兼顾，农桑畜牧并重，着重总结了辽、金和两宋以来的科技知识。其中《农桑辑要》为元朝政府官颁农书，忽必烈即位之初就颁发全国各地，号召“崇本抑末”。中统元年（1260）命各路宣抚司选通晓农事者任劝农官，至元七年（1270）建“司农司”，掌管农桑水利，考核主管农事的官吏。同年颁布“农桑条例”14条，其中关于农政者有村社制度，即在农村凡50家立一社，不及50家与邻村合为一社，人少地广处自相组织，选年高又通晓农事者为社长。村社组织为元代统治者强化控制人民的一种行政措施，客观上它对农业生产发挥了互相作用。北方农村还多结锄社，每10家为一社，共同劳动，轮流锄治各家田地，凶病困难之家，共力助之。又有督导农功的条例，如凡种田者立木牌于田边，上书某社某人，社长及时巡视督导，有游手好闲，致田荒芜，不听劝诫者，上报提点官责罚。同时还随风土所宜实行多种经营的条例，规定每丁每年种桑枣20株，或栽种杨柳等，种杂果者每丁10株，株数一律按成活者计算。各社均须种植苜蓿，以防饥年；有水源之地，凿池养鱼、鹅、鸭，栽种莲藕、鸡头、菱角、蒲華等。此外，还鼓励垦荒，实行屯田，减租，保护农田，禁止扰民，建立义仓，提倡互济自救等。这些措施，忽必烈时大致都是实行的。在他之后，成宗大德元年（1297）犹下令：征用劳役不得违误农时，十一年重申扰农禁令，然而民族矛盾日益尖锐，阶级压迫日益沉重，生产不断遭受破坏，发展受到严重阻碍。元朝统治期间，曾在各地实行大规模屯田，兴修水利，促进了边疆地区农业经济的发展。国家分裂局面的结束也有利于各地区各民族农业文化的交汇。元代传统农业已完全配套成系，农业技术更加精密细致，生产水平进一步提高。棉花在南北方较为普遍推广种植，畜牧、桑蚕等多种经营均有较大发展。

元代农具发展的历史水平，集中反映在王祯《农书》中。王祯发展了北宋曾之谨的作“农器图谱”，记述从使用以来的各种农器20个门类共250余种。至此，中国传统农具定型，并大致完备。其中有改旧，也有创新。耕作收获农具如耕盘、耧锄、粪耧、砘车、耘爪、推镰、芟麦器等，粮食加工器械如水碓、水砻、水磨、风磨、水轮三事、水击面箩等；灌溉工具如水转筒车、水转高车等，大都可以提高工效。耕盘俗称抬杆，首见于唐，宋代已出现挂钩，据王祯《农书》所载，犁盘以直木为之，盘上置钩环，连接软套，并与轭相连，相当于动力和农具之间的传动装置。从此，以盘和钩环为主要连接件的软套比较完善了。始见于元代的芟麦器由三个部件组成，收获小麦的效率较人力提高四五倍。推镰，是人力推行的刈麦器，割下的麦成行堆置，功效也较镰刀提高许多。再如耧锄，始见于金，元代河北平原普遍使用，一人一畜，每天可中耕20亩。粪耧，是在的基础上，添置下粪耧斗，播种时粪随种下，盖于种上，有效地改进了种肥施用方法，提高了播种质量。水轮三事，是水磨的发展，可磨，可砻，可碾。水击面箩，是以水力为动力的筛面粉的箩，它比此前的脚打面箩又提高了工效。高转筒车和水转筒车，是元代新出现的灌溉工具，前者用在“田高岸深”处，后者用于“流水岸侧欲用高水”时。元代不仅以水力为动力的粮食加工工具、灌溉工具有所发展，而且出现了以风力驱动的磨。

元代赋役繁重，自耕农半自耕农耕地越多，即“梯山为田”，“复租税随之”。于是南北朝时形成的土地利用的指导思想——“宁可少好，不可多恶”，再度受到特别重视。一方面因地制宜，柜田、涂田、淤田、沙田等非平原土地，凡“听民耕垦自便”者，皆是“乐土另一方面认为“粪田胜买田”，“耕农之事，粪壤为急”、“惜粪如惜金”，强调多施粪壤改良土地，绿肥尤受到重视，种植绿豆、小豆、胡麻等作绿肥在“江淮迤北”，相当普遍。为准确地掌握农时，王祯创造“授时指掌活法之图”，使作物“生养之节不至差谬”。提倡区田，并进一步推行区田套种的经验，发展了间套复种技术。北方旱地耕作提出“耕深耙细”，以利“根土相着”，提高防旱抗旱性能。总结北方冬闲地的耕作应遵循“秋耕为主，春耕为辅”，“秋耕宜早”，“春耕宜迟”诸原则。创造了“套翻”耕地法，分“缴”耕犁。首次提出“栽木棉法”，指出种籽处理实行水选、催芽，以灰拌种和打顶、摘心的技术要求。

元代作物种类较前无太大变化，唯棉花推广大幅度调整着经济作物的结构。为推广种棉花并扩大作物交流范围，在政府颁布的《农桑辑要》中批驳“唯风土论”指出：凡是优良品类，都可能异地推广、交流，惟“种艺”须“得其法”。中国衣被原料，自远古以来以麻、葛、毛皮和丝制品为主，棉花在汉、唐只种植在边远兄弟民族地区，宋、元之间，分别由西域和中国的南部传人黄河流域和长江流域。元代大力提倡种植，并在浙江、江西、湖南、广东、广西等省区设“木棉提举司”以征收棉布，每年约征10万匹。广大人民的衣被原料开始发生了根本性的变化。

元代始见胡萝卜、莴笋，四季萝卜已“在在有之”，萝卜、茄子的地位明显提高，而此前的一种主要蔬菜——葵的地位则下降了，《农桑辑要》引《务本新书》介绍许多茄子的优良品种和整枝打叶延长结果期的技术方法，也记述了许多萝卜品种。元代还开创了韭菜的软化栽培、阳畦栽培，以及菠菜贮藏，供“四时可用”的栽培方法。食用菌的培养，发明了人工接种的技术方法。

栽桑养蚕元代总结宋、金以来的经验，桑树的繁殖栽培和病虫防治等都有所创新，特别是嫁接，在认识上和技术上都有所突破，介绍了插接、劈接、靥接、搭接等的技术原则和方法，指出嫁接适期，以枝条上的新芽泛青时最佳。桑树品类，除荆桑和鲁桑外，南宋在杭嘉湖地区由鲁桑演变而成的湖桑，已后来居上。养蚕技术，《农桑辑要》总结金元经验，概括为“十体”、“三光”、“八宜”、“五广”、“三稀”等原则，养蚕工具已相当齐备。

蒙古族原居草原，畜牧业十分发达，元朝建立后，在从蒙古草原至云南、贵州的辽阔地区内，设置14道牧地，官营养马业空前繁盛，但为防止汉人反抗，禁止民间养马，对北方民间养马业打击很大。民间猪、牛等饲养仍有发展。实行“三和一缴”饲喂法，以粗饲为主，精料分“三和”拌饲，逐步加多。首创发酵饲料，种植“易活耐旱”的马齿苋，以泔水等发酵，令酸黄，拌麸糠喂猪，省功易肥。