中国古代农业的优良传统技术之一，早在3000多年前已有“嘉种”的概念，2000多年前已有选、留种技术的记载。

古时称良种为“嘉种”，《诗经·大雅·生民》中已有“诞降嘉种，维秬维秠”的记载。则首次记载了选留种技术，认为麦子成熟时要“择穗大彊者，斩束，立场中之高燥处，曝使极燥无令有白鱼，有辄扬治之”。贮藏麦种的方法是“取干艾杂藏之。麦一石，艾一把。藏以瓦器、竹器。顺时种之，则收常倍”。对粟（即禾）的留种方法与麦子不同，是“取禾种，择高大者，斩一节下，把悬高燥处，苗则不败”。麦子是穗小粒大，所以要晒干后脱粒贮藏。禾粟是穗大粒小，宣于将穗子扎成把，悬挂在高燥处即可。

6世纪时的，对于选种留种技术有了系统的记载。《齐民要术》收种第二中指出品种混杂的弊端：混杂的谷种，成熟迟早不一致，出米率很低，而且不容易舂均匀等等。所以要特别注意留种。接着说明防止品种混杂的方法即：粟、黍、穄、粱、秫，都要年年分别收获。收时要挑选长得好的、颜色纯净的穗头，割下来，挂在高燥处。即今称的“穗选法”。到春天脱粒，它们要与大田播种的谷物分开，单独下种、留种，以供第二年的大田种子之用。这种措施，同现代的种子田相似。对留种的种子田在管理上要增加锄地（即中耕）的次数，因为“鋤多则无秕”。种子田收割的穗子要最先脱粒，因为最先脱粒，晒场上干净，不会与其他种子混杂。脱好粒的种子要分开窖藏，因为窖藏比用瓦器、竹器贮藏更安全、更能保持恒温干燥。还特别指出窖藏种子的窖口要用相同品种的秸秆覆盖，这样就彻底地防止了一切可能产生混杂的机会。

除了谷物的留种，《齐民要术》对于瓜类的留种技术也有精辟的叙述。指出食瓜时，美者收取”。说吃甜瓜的时候遇到味道好的，就留作种子。更突出的是关于“本母子”瓜的留种技术。把甜瓜的成熟采收期分为早、中、晚三期，刚长几片真叶就开花结实的早熟瓜叫“本母子”瓜，蔓长二三尺时结的瓜，叫“中辈瓜”，蔓长足了，最后结的瓜叫“晚辈瓜”。认为用本母子瓜的种子作种，其后代开花结实也较早。瓜留种，最重要的是要截去两头，取中部的种子留种。理由是，靠近瓜蒂一头的种子，结的瓜常常弯曲而细小，靠近瓜尾的种子，结的瓜也往往短而歪。只有中部的种子所结的瓜生长正常。这个经验一直沿用至今。

《齐民要术》中还注意到早熟矮秆的粟品种，产量要比晚熟高秆的品种高：“早熟者苗短而收多，晚熟者苗长而收少。”这是对矮秆品种有高产能力的最早记载。又，作物的产量和质量往往是矛盾的，二者难以兼有，这种现象也是《齐民要术》中首次提到：“收少者，美而耗；收多者恶而息也。”美和恶指谷物的品质，耗指出米率低，息指出米率局，也是品质指标。产量和品质的矛盾，直至现代仍是育种工作所要解决的难题。

唐宋以迄明清，选种留种在理论和实际措施上又有进一步的发展。宋代中设有“善其根苗”篇，提出“凡种植先治其根苗以善其本”，“欲根苗壮好，在夫种之以时，择地得宜，用粪得理”。在选种之外，提出了培育壮秧的重要性。明代耿荫楼的“养种之法”篇，把五谷、豆果、蔬菜的种子比作人之有父，土壤则是母。“母要肥，父要壮，必先仔细拣种”。所谓“拣种”，等于现代的“粒选”，“即颗颗粒粒皆要仔细拣肥实光润者”，这是比穗选更进一步的选种方法，对所选出的种子，要加倍地耕锄施肥，说连续如此三年，“则谷大如黍矣”。对于菜果类作物的留种，则强调人工疏摘，如茄子则止留一茄，瓜则止留一瓜，豆则只留十多个荚。较之《齐民要术》所述的去两头留中间的方法更进一步，疏摘可以加强留种种子的营养供应。

清代杨屾的《知本提纲》中有“择种”一段，提出“母强子良，母弱子病”的理论，把留种同遗传直接联系起来。

在古代有关利用突变单株进行选种育种的记载，出现得较迟，主要在清代。著名的如清康熙皇帝在丰泽园的水稻田中，发现一株特别早熟的单株，加以留种试种，果然年年早熟，赐名“御稻”。由于这个品种特别早熟，阴历六月可收，康熙曾命江苏、浙江、江西等地，将御稻兼作早稻和晚稻，试种一年两熟的连作稻，曾一度获得成功。

宋代长江下游有个水稻早熟品种，名叫“六十日”，直至明清仍广泛栽培。据清乾隆《象山县志》转引《蓬岛樵歌》的记载，也是一个来自自然突变的品种六十日水稻，名救公饥，传有孀妇，居贫乏食，摘稻中先熟者，以养翁姑，因传其种。”由此可以想见民间利用自然突变单株，选育出新品种，肯定是很多的。