清朝建立至鸦片战争爆发（1636～1840）时期，在人口激增、耕地不足的情况下，传统农业向纵深发展，精耕细作水平达到空前高度，多熟制成了耕作制的主要形式。农民的社会地位得到一定改善，具有一定的独立性，自耕农经济比重上升。商品经济深入农村，佃富农和经营地主增多。然而资本主义萌芽生长迟滞，全国农业的基本格局仍然是自给自足的自然经济。

明清之际，农业生产再次遭到严重破坏。顺治（1644～1661）时也采取轻徭薄赋、予民休息的政策和鼓励垦荒、发展农业的措施。但是囿于民族偏见，受满洲贵族入关前一些落后的生产关系的影响，实行“圈地”和“迁海”政策，社会经济的恢复相当缓慢。到康熙三年（1664）全国耕地方达到53585.93万亩，只相当明万历时（70139.76万亩）的70%。康熙至雍正时期（1662～1735）是清代农业的发展期。康熙即位，废圈地令，宣布民人开垦田地，“自后永不许圈”；废迁海令，准许沿海居民恢复旧业；整治黄河，大片荒地许民垦耕，调整垦荒政策；延长起科年限，实行“六年起科”；招流民垦田，资助牛、种、居室，官修陂塘沟洫，所开田地，“永准为业”，奖励地方官吏招徕流民垦荒落籍。于是“湖广填四川”，“山东往口外”，出现垦荒高潮。到康熙六十一年（1722），全国耕地面积达85109.92万亩，蒙古、新疆、云、贵、台湾等少数民族聚居地，也进行了较大规模的开发，同时兴修农田水利，改进耕作，提高生产水平，全国出现了“升平盛世”。雍乾时（1723～1795）进一步贯彻落实康熙朝的政策，再次延长起科年限，并减轻田赋，同时推广高产作物，提倡“竭力耕耘，兼收倍获”。农业生产得以持续稳定的发展，生产水平明显提高。太湖流域，一般亩产米2.5石左右；湖北黄梅“甘泉土沃”，亩可获稻谷五六石；安徽凤台县，丰年“黍麦可二石，稻可四五石”；山东青州海田，高者“每亩可获（稻谷）五六石，次四石”。经济作物，如棉、麻、桑、茶、烟草、甘蔗、蓝靛，以及果、蔬等，都有较大发展。佃富农和地主直接经营的生产方式逐步成长，农产品商品化进程加快，当时，汉口已成为长江中下游的粮食集散地，“日消米谷不下数千”，东北麦豆，每年运至上海“千余万石”。

乾嘉之际，农业生产由盛转衰，嘉道时期农村经济渐趋凋敝。早在康熙年间，土地兼并就时有发生，雍乾以来日益盛行，官僚、地主、商人、高利贷者，相互勾结，或采用经济手段，或凭借封建特权，或二者兼用，侵占大量农田，大批自耕农转化为佃户，农业生产下降。农民缺少耕地，成为农业生产的突出矛盾。传统农业技术已发挥出最大潜力，加以18、19世纪西方帝国主义的兴起，终于将中国推向半封建半殖民地社会。

在京畿四围的直隶设置营田水利司，扩种水稻，使海河下游、天津附近滩涂盐碱地变成良田；东南沿海，北起宝山，南至浙江仁和乌龙庙，改建鱼鳞石塘，塘内外滩涂变沃壤；在珠江三角洲，筑堤修塘，辟土耕种；在洞庭湖沿岸，大规模修建堤围，进一步开发水利；在河北、河南、山东、山西、陕西等北方各省，提倡凿井灌溉，发展井利；利用泉水，引渠灌田，也十分盛行，陕西的古泾渠，明代犹泾水、泉水并用，清代完全用泉拒泾。山西晋祠的难老、善应二泉，明代已制定了严格的管理制度，清代雍正时进一步修订灌田管理办法。闽、浙、两广、云、贵、四川等地也广泛利用山间泉水灌田。新疆在乾隆时平定了准噶尔贵族叛乱，其水利和屯田迅速发展，嘉庆时伊犁为屯田中心，利用伊犁河修建大渠和惠通渠，灌田数万顷。道光时吐鲁番为水利最发达的地区；新疆水利的一大特色为坎儿井，这种设施，十七八世纪已遍布新疆南北。银川平原，康熙四十七年（1708）水利同知王金臣开大清渠，宁朔县657.6顷土地受益；雍正四年（1726）开惠农、昌润二渠，溉平罗田2717.4顷，嘉庆时直接引黄渠道达26条，溉田2.1万顷。从此银川平原富甲西北。

内蒙古河套地区在康熙十年始行开垦，二十七年从呼和浩特到张家口一带，“地皆耕种”。乾隆十四年（1749）禁垦蒙地，然而延、榆二府“各邑农民全赖耕种口外地亩，以资生计，春去秋归，岁以为常”，史称这种现象为“雁行”。道光时禁令解除，商人、高利贷者与蒙古王公勾结，以租地形式，招垦大片草场，出现了地商投资开发水利，扩大垦耕的局面。

清代垦山，声势浩大，地域遍及南北。浙江于潜、临安、余杭等地“棚民租山垦种，阡陌相连”；安徽丛山峻岭间的许多棚民“开种旱谷，以估稻粱”；规模大又比较集中的是陕西、四川、湖北三省交界的秦岭和大巴山一带，“流民之入山者……千百为群……典当山地”，种植杂粮。

盐碱土改良，开创了以苜蓿作绿肥治理盐碱土的技术和客土法（挖盐窝）。冷浸田改良，在南宋的深耕冻垡和熏土暖旧的基础上，又实行了施用石灰以中和土壤酸性的方法。砂田是在地面覆盖10厘米厚的沙石的一种耕地，它有防碱、抗旱、增温的作用，主要分布在以兰州为中心的陇中地区，清代中后期有较大发展。塘基利用，南宋时太湖地区，实行塘基植桑系牛，取得了牛得荫凉、桑得肥水、塘基坚实的效果，明嘉靖时实行塘内养鱼，塘上架梁修笼舍养鸡豕，塘基植梅、桃等，塘外田地种谷物，粮、畜、鱼、果综合经营，收益甚丰。明末清初出现农桑鱼畜相结合的生产结构，珠江三角洲的低洼地，塘基生产形成于元明之际，明代实行果基鱼塘。清代中后期，塘基利用多采用“基种桑，塘养鱼，桑叶饲蚕，蚕粪饲鱼”的生态系统。

明中叶后，中国受西方科学技术的影响，以为代表的农学家已具有西方近代科学倾向，然而受社会经济文化等的制约，到清乾隆时以为代表的地方农书，仍囿于“阴阳五行”说，中国的农学在世界上落后了，而精耕细作的技术传统，仍沿着“粪多力勤”的方向继续向纵深发展。

18世纪中叶后，中国北方除长城沿线及其以外地区为一年一熟外，大部分地区普遍实行三年四熟，或两年三熟制。山东、河北、河南及江苏、安徽北部多实行冬季休闲，基本种植制度是：每年种一季秋粮，隔年回种一茬冬季作物，麦收后回种豆类或夏玉米、晚谷等，晚秋后冬闲；条件好的地方实行三年五熟，个别地方有实行两年三收的，麦后种豆，豆后种玉米或谷子等。山西的汾水流域和陕西的关中地区，多实行夏季休闲，轮作的基本形式是：冬小麦，或豌豆、扁豆、油菜等收获后，经过夏闲，秋季再种冬小麦等。根据当年雨水情况，利用夏闲地适当加入秋熟杂粮，如粟、糜、高粱、豆类、玉米等，组成三年四熟；肥料、劳力条件好的则实行两年三熟；经营规模较大的富裕农民以上阶层有实行加入苜蓿的周期较长的轮作，一般连续种植五六年苜蓿，其后连种三四年冬小麦，也可获得较好产量。

江淮及长江以南，稻麦两熟仍占主要地位。稻的后作除麦类外，通常有油菜、蚕豆等，这些作物在太湖地区统称为“春花”。浙江桐乡一带，“春花之利过半”。

双季稻，宋代由岭南推进到福建和贵州等地，长江流域出现“再撩稻”。明时推广到广西的浔江和郁江流域。清代发展到红河流域和桂东、桂西北等地，并由赣南扩展到湘、鄂及四川、江苏省。18世纪曾扩展到里下河地区。台湾，清初多一年一熟，清中叶南部已发展到三种三收，中北部两年五熟或一年两熟。三熟制，清中叶产生在广东，乾隆时有麦一稻一稻的种植形式，道光时有稻一稻一油菜。

间作套种在南北方皆盛行。稻豆间套、麦豆间套、麦豆混种、棉麦套种、谷物绿肥套种、粮菜间套等集约利用土地的种植，清代已创造了丰富的经验。陕西关中实行过“二年收十三料之法”，这种方法就是在肥料量多质优的基础上，以经济作物、粮食作物、蔬菜等实行间作套种。

这一时期混合选种技术继续有所发展，如通过单株繁育，“生生不已”育成“御稻米”、“白粟”等良种。

明代已出现的，清代继续发展，因水旱灾害，不能及时播种冬小麦者，改种冬谷，较麦晚20天左右即可收获。小麦移栽亦产生于明代，明末清初流行于太湖地区，清乾隆时也流行于关中。抢时抢墒硬茬播种在山东秋种麦往往是“借墒借种”，夏种豆“骑麦垄耩豆”，陕西关中麦后种谷，“实在无雨……干种在地内候雨”。

关于肥料的积制、施用。这一时期的农书指出：“垦田莫如粪田”，“积粪胜如积金”。系统地总结了10大类粪肥的积制方法及其特点和施用范围，提出施肥“三宜”（见），强调施用基肥。

本时期传入的新蔬菜有菜豆、洋葱、球茎甘蓝等。栽培技术明显进步的是18世纪中已利用菠菜“雄者苗多弱，雌者苗多茂”的特性于采种措施。果树，嘉庆时选育成肥城桃，清后期由北美传入西洋苹果。

家禽著名品种颇多：①狼山鸡和文昌鸡，前者是肉蛋兼用型，原产江苏，19世纪中期闻名于世；后者以母鸡肉肥嫩著称，产于海南岛东北部。②鸭有雄鸭，产于广东南雄，以肥嫩著称；匀鸭，产于贵州都匀；建昌鸭，体形硕大；高邮鸭，亦称高鸭、麻鸭，以产黄蛋著名；北京鸭，以生长发育快、脂肪多，肉质鲜美而闻名。③大家畜，西北的伊犁马、四川建昌马、云南乌蒙马、贵州水西马等都著称于世。畜禽繁殖饲养，鸡鸭人工孵化的看胎技术，清代积累了丰富的经验；猪的饲养，总结了“六宜六忌”的原则和“圈干食饱”，少喂勤添的饲养方法，“善豢养者六十日而肥”。