明代（1368～1644）中国封建社会进入后期，农业生产关系在封建地主制的框架内有所调整，佃农对地主的依附关系松弛，资本主义萌芽在若干经济部门中稀疏出现。传统农业在精耕细作的轨道上继续前进。集约程度提高，商业性农业有所发展。

明王朝建立初，着手清除元代的奴隶制残余，释放奴隶和半奴隶，限制出家为僧，普查户口，编制户籍户帖，建立农村里甲组织，使“尽力田亩”；鼓励垦荒，要求“就丁力耕种，毋以旧田为限”，限制兼并使自耕农明显增加。同时又推广棉花、苎麻、蚕、桑等衣被原料作物和枣、柿、栗、胡桃等木本粮食作物，改善农村经济结构，增强度荒能力；兴修农田水利工程，抗旱防涝；普遍推广宋、元以来的先进农具，提高劳动效率。这些措施推动了明初农业生产很快恢复和发展，耕地和人口都迅速增加。洪武（1368～1398）后期至永乐（1403～1424）年间，社会经济已呈繁荣局面。到英宗正统（1436～1449）年间，“宇内富庶，赋入盈羡，米粟自输京师数百万石外，府县仓廪蓄积甚丰，至红腐不可食”。

然而封建社会的痼疾——土地兼并在明代尤为严重，皇帝、亲王、勋戚、后妃、宦官等无止境地扩充各自的，自宣德（1426～1435）以后至正德（1506～1521）年间，“庄田几遍天下”，皇庄扩大尤快。缙绅地主兼并土地更加疯狂，即是屯田亦“坏于豪强之兼并”。农田水利工程，或遭破坏，或湮塞为田，或据为私有。毁民田宅，废民桑园。于是农民逃亡，社会动乱。虽然成化元年（1465）以后，政府允许流民附籍，“各自占旷土……垦为永业”，相当数量的流民变为自耕农，但土地兼并，并未稍缓，到弘治十五年（1502）全国税田总共420.81万顷，比之洪武二十六年（1393）减少一半。嘉靖（1522～1566）初，查勘庄田，制止兼并，实行官民田税则一致，企图复苏农业生产，改善政府财政状况。然而收效甚微，政府控制的田额继续减少，万历（1573～1620）前后，任用张居正，实行社会经济改革，实行赋役合一的，土地兼并稍有抑制，加以玉米、甘薯、烟草等作物相继传入，为扩大山区种植提供了新的作物资源，农业科学技术在“经世致用”的治学观点的影响下继续向精耕细作的方向发展。自耕农经济有所复苏，粮食的亩产量基本恢复到明初的水平，较之宋代有明显提高。但是张居正死后，废除了他的改革措施，土地兼并更加盛行，到明末已是“有田者什一，为人佃作者什九”。16世纪50年代到70年代玉米由印度、缅甸传入云南，再流传到黄河流域，或由西亚经丝绸之路穿河西走廊经平凉进入中原。玉米传入后，初期多种植在贫瘠的山区，17世纪后期始向全国各地发展，18世纪方普遍种植（见）。17世纪中叶马铃薯传入台湾，称“荷兰豆”，17世纪末传入福建，19世纪中叶，云、贵、四川、陕西、山西等地普遍栽培。马铃薯适应性强，初传人时多种植在气候冷凉的瘠薄山地（见）。花生在中国最早见于记载的是16世纪前期太湖地区的方志，16世纪后期已加入油料作物行列，17世纪传到安徽、湖南，18世纪进入四川，18世纪中叶传到黄淮以北，19世纪后期又传入大粒品种（见）。16世纪中后期到17世纪前期，烟草经由南北两线传入：南线由菲律宾入闽、广、江、浙、两湖而西南；北线由朝鲜传入。烟草传入后很快普及到大江南北和长城内外，18世纪中后期已形成许多地方名产（见）。

据明末宋应星对中国主要粮食生产状况大致估算为：“稻居什七，而来、牟、黍、稷居什三。麻、菽二者，功用已全入蔬、饵、膏、馔之中。”以南北分：江淮以南，“种小麦者，二十分而一”；北方诸省“丞民粒食，小麦居半，而黍、稷、稻、粱仅居半”。这个估算大致反映原有粮食种植结构。不过新传入的玉米、番薯、马铃薯等高产作物则不断取代黍、稷、高粱等的地位，豆类则日益发展为间作套种作物，棉、麻、油菜、蓝靛和烟草、花生、甘蔗等经济作物随着商品经济的发展，种植面积日益扩大。这种趋势到清代愈加明显。

明代耕地一般是“九寸为深，三寸为浅”。有耕深二尺者，多采用“重耕”法，即清代称为套耕的。南方水田：种植前实行“垦倒晒垡”，“春花”地必“起垄开沟”，要求垄宽沟深，便于清沟和利用沟泥。

明代棉花种植技术的迅速发展，其经验概括为14字诀：“精拣核，早下种，深根短干，稀科肥壅。”徐光启进行了甘薯引种、贮种、育苗、栽培等一系列试验，为甘薯的推广奠定了技术基础。另外水稻栽培的整治秧田、培育壮秧、烤田等技术显著提高。流行着“秧好半年田”，“六月不干田，无米莫怨天”的谚语，实行夏历六月重烤田，冷浸田尤其注意重烤。小麦开始实行育苗移栽。

明代肥料发展的两大特点，一是重视绿肥，一是制造“料粪”、“粪丹”和草塘泥肥。草塘泥肥又名“窖花草”，或“窖蚕豆姆”，多行于江南。粪丹和料粪都由人畜粪、饼肥、黑豆、大麻子和动物的尸体、毛、血等，加以黑矾、砒信和硫磺等配制而成，都是浓缩肥料，用量少，兼有杀虫作用，惜制作方法比较复杂，未能广泛流传。绿肥品种增加，以花草（即紫云英）最为普遍，“苔华”，即浮萍也开始用为肥料。

病虫害防治的突出成就是总结了蝗虫发生发展的规律，提倡防治重点在滋生地消灭蝗卵和蝗蝻。在农业防治方面，棉田实行棉花和水稻轮作；冬闲地实行深耕冬灌消灭地下害虫；调整播种期避开“虫蛀之害”；清除杂草，消灭虫害滋生根源。在药物防治方面，使用砒霜拌种和蘸种根，防地下害虫；以硫磺粉混以河泥治林木蠹虫。

明代蔬菜果树的种类及品种都有较大发展，原产南美的辣椒、番茄、南瓜等蔬菜传入中国。在南方，嘉靖时选育出水蜜桃，传入芒果，明清之季传入菠萝、香木瓜、荔枝等；在北方，选育出莱阳梨、秋白梨等。柿树已普遍栽培。

九斤黄，明称“三黄鸡”，是著名的肉用型鸡种，产自嘉定、南翔等地；矮鸡，以矮脚著名，主产江南。鸭的著名品种有凤头鸭，主产浙江、福建、江西等地。马、牛、羊大家畜的繁殖、饲养、使役以及疾病防治等技术知识，在和里得到反映。

明代北方蚕桑业因棉花的推广而趋于萎缩，南方一些地区的蚕桑业却继续发展。杭嘉湖地区出现“以蚕代耕”局面，珠江三角洲开始兴起“女务蚕桑”。桑树栽培的新经验，突出在施肥：一曰“腊肥”，冬季施用，提倡使用泥肥，流传着“桑不兴，少河泥”的谚语；一曰“谢桑肥”，每剪桑毕及时施用一次人粪尿。养蚕技术：制种，适当选配雌雄蛾，利用杂种优势，实行新的制种法；浴种，根据不同情况，或“天露浴”或“石灰浴”，或“盐卤水浴”桑树。嫁接技术，出现了“七头接”（根接）和“寄枝接”（靠接）。