中国古代在长期实践的基础上，在施肥方面产生了一些杰出的认识和理论。

“善其根苗”篇中强调要“用粪得理”，即要求施肥合理。同时在“粪田之宜”篇中说施肥要“相视其土之性类，以所宜粪而粪之，斯得其理矣。俚言谓之‘粪药’，以言用粪犹用药也。”认为施肥要根据不同性状的土壤，施以它所适宜的肥料，就像给人治病时，要根据病情，对症下药一样。“粪壤”篇中也说“粪田之法，得其中则可，若骤用生粪，及布粪过多，粪力峻热，即烧杀物，反为害矣”，认为施肥要达到适宜的程度，这也是同用药一样的要求。这种“粪药”论对于经济合理地施肥，改良土壤和保证作物的良好生长，都有重要意义，这是中国古代在施肥认识上的一次重大发展，并为合理的施肥技术奠定了理论基础。

《沈氏农书》根据浙江湖州地区，在单季晚稻施用追肥的实践基础上，总结性地提出来的-种正确的科学认识。《沈氏农书》指出：“盖田上生活，百凡容易，只有接力一壅，须相其时候，察其颜色，为农家最要紧机关。”说明“下接力”，即施追肥是农家最难拿握的关键性技术，必须“相其时候”，即掌握作物的生长发育阶段，和“察其颜色”，即观察作物的营养状况。并把这二者结合起来考虑而后才能决定在什么情况下追肥最好。同时《沈氏农书》还具体介绍了如何贯彻这种看苗施肥的原则。它指出“下接力，须在处暑后，苗做胎时，在苗色正黄之时”。所谓“做胎”，即孕穗，正属幼穗分化期。至于所察的“颜色”，是指从苗色变化，观察稻苗的营养状况，标志是“苗色正黄”。这是正确的认识，因谷类作物在幼穗分化时期是需水肥最多最切的时期，故此时施追肥可为增产奠定基础。《沈氏农书》还强调指出虽“苗做胎时”，而“苗色不黄”，也“断不可下接力”，要是“到底不黄”，就“到底不可下”。只能在“若苗茂密，度其力短”的情况下，当“俟抽穗之后，每亩下饼三斗，自足接其力”。必须注意“切不可未黄先下，致好苗而无好稻”，否则就会减产。同时《沈氏农书》还指出：“无力之家，既苦少壅薄收；粪多之家，每患过肥谷秕。究其根源，总为壅嫩苗之故。”说明不论肥料多少，都要根据这个原则来施肥。《沈氏农书》所提出的“相其时候，察其颜色”的看苗施肥指导思想，是陈旉《农书》中“粪药”论的发展，而且影响后世。

清代杨_在其《知本提纲》中提出“化土渐渍之法，必使余气相培”的论点。他的学生郑世铎对此解释说：“土有良薄、肥硗、刚柔之殊，所产亦有多寡、坚虚、美恶之别；使不能化硗为肥，何以浸渍其苗，令之发荣滋长乎？故欲耕道克修，不可不先明化土渐渍之法，以畜其粪壤也。粪壤之类甚多，要皆余气相培。即如人食谷、肉、菜、果，采其五行生气，依类添补于身；所有不尽余气，化粪而出，沃之田间，渐渍禾苗，同类相求，仍倍禾身，自然强大壮盛。又如鸟兽牲畜之类，及猪骨、蛤灰、毛羽、肤皮、蹄角等物，一切草木所酿，皆属余气相培，滋养禾苗。”这里“余气”的“气”，不是指虚无的东西，而是指物质而言。他们着重说明肥料中含有作物所需要的营养物质，施肥可以“化土”，即改良土壤提高肥力，而肥料在土中又“渐渍禾苗”，即逐渐释放养分供作物吸收，故使作物发荣滋长、强大壮盛，从而提高产量。同时，他们又指出作物的可食部分经人畜食用后，粪便又成为作物的营养物质，而一切草木，包括农作物在内，也含有这种“同类相求”的“余气”，故腐烂后就能成为“化土”和“渐渍禾苗”的肥料。说明作物、肥料和土壤之间有着一种互相循环和转化的关系，反映了朴素的辩证法思想。

中国古代的农业生产中，非常重视因时、因地、因物制宜，不仅贯穿在整个农业生产中，也体现在各个生产环节中，在施肥方面也不例外。在施肥中如何因时、因地、因物制宜，在明清以前的不少古农书中多有论述，但都是分散而未形成整体。明清时期在施肥的三宜方面的经验有很大发展，故杨屾的《知本提纲》根据历史传统，并以陕西兴平的当地经验为基础，进行了总结，全面地提出了“生熟有三宜之用”说。他的学生郑世铎具体地论述了三宜的原则：生粪除栽植木果外，其他不可用。熟粪均可施用，但有时宜、土宜、物宜之分。时宜即不同的季节施不同的肥料。如春季宜施人粪、牲畜粪，夏季宜施草粪、泥粪、苗粪，秋季宜施火粪，冬季宜施骨蛤、皮毛粪。土宜即随土用粪。如阴湿之地宜用火粪，黄壤宜用渣粪，沙土宜用草粪、泥粪，水田宜用皮毛蹄角及骨蛤粪，高燥之处宜用猪粪。物宜即不同作物施用不同的肥料。如稻田宜施骨蛤蹄角粪、皮毛粪，麦粟宜施黑豆粪、苗粪，瓜菜宜施人粪、油渣之类。“三宜”原则整体是正确的，这个原则在今天也不能任意违反。

中国古代的施肥理论，都有其长期的实践基础，并对以后产生深远影响，尤其是“粪药”论的出现为其他的认识和理论奠定了必要基础。