脑等，在正常情况下不能进入淋巴器官，因此未能形成免疫耐受性。在某些情况下，如遇外伤或感染，使这些抗原外溢至血流并与免疫系统相接触，即可导致自身免疫反应。交感性眼炎、无精子症等即属此类。此外，某些抗原只存在于细胞内，未能建立免疫耐受，若出现于细胞外，如心肌梗塞时，心肌细胞坏死并释出胞内线粒体，即可刺激机体产生抗线粒体的自身抗体。
免疫系统对机体自身抗原成分发生的免疫应答。在正常情况下，机体对自身抗原的免疫反应被限制在生理性范围之内，担负着正常的调节作用和清除衰老或死亡细胞等自身稳定作用。但是，如果产生过量的自身抗体或自身反应性致敏T细胞，它们可破坏正常细胞或组织，引起严重的病理过程和多种特定的临床表现，称为自身免疫病。
引致原因尚不完全清楚，大致包括：
体内某些组织成分，如睾丸组织、眼球水晶体、眼色素层、脑等，在正常情况下不能进入淋巴器官，因此未能形成免疫耐受性。在某些情况下，如遇外伤或感染，使这些抗原外溢至血流并与免疫系统相接触，即可导致自身免疫反应。交感性眼炎、无精子症等即属此类。此外，某些抗原只存在于细胞内，未能建立免疫耐受，若出现于细胞外，如心肌梗塞时，心肌细胞坏死并释出胞内线粒体，即可刺激机体产生抗线粒体的自身抗体。
体内存在大量抗原抗体复合物，且该抗体分子Fc区的抗原决定簇暴露，即可刺激机体产生抗该复合物的抗体，此即类风湿因子（rheu-matoid factor），可导致风湿性关节炎。此外，某些化学药物、烧伤以及放射线照射等均可使自身组织成分变为自身抗原。
某些微生物抗原与动物某种组织具有交叉反应，当这些微生物侵入机体时，机体不但与这些微生物抗原成分发生免疫反应，而且还与相应的自身抗原发生交叉反应，从而导致自身免疫。如针对猪肺炎支原体和丝状支原体的抗体可分别与猪肺与正常牛肺发生交叉反应；风湿性心肌炎是由于机体产生了抗A群链球菌抗体所致。
在正常情况下，对自身抗原有反应的禁忌细胞受抑制性T细胞调节和控制，不能大量增殖，但当胸腺、骨髓、淋巴组织等发生疾病时引起抑制性T细胞减少，而使原来被抑制的禁忌细胞激活，对自身抗原发生反应，可导致自身免疫病。
新西兰黑小鼠的一种由C型反录病毒引起的持续感染，可导致抗核酸和红细胞的自身抗体产生。犬和人的系统性红斑狼疮也与此相似。此外，某些病毒可吸附于宿主红细胞表面，导致抗红细胞自身抗体的产生，从而引起自身免疫性溶血性贫血，如马传染性贫血。
自身免疫病有家族倾向性，某些自身免疫病的发生率与某些主要组织相容性抗原的检出率呈正相关，有不少人认为在MHC编码Ⅱ类抗原的基因附近至少存在一个控制自身免疫病易感性的基因。
动物性别和性激素对自身免疫病的发生有一定影响，这种影响很可能是通过胸腺内的T细胞亚群（TH和Ts）起作用的。
自身免疫引起的组织损伤主要表现为变态反应。如因产生抗牛乳α-酪蛋白抗体引起的乳汁变态反应即为一种Ⅰ型变态反应性自身免疫病，有些母马也可发生此病。自身免疫性溶血性贫血、血小板减少症和甲状腺炎等都是针对细胞表面抗原的自身抗体在补体或细胞毒性细胞参与下的Ⅱ型变态反应。犬的全身性红斑狼疮是典型的Ⅲ型变态反应，其抗DNA抗体与DNA形成的复合物可引起肾小球肾炎。同样，家畜和人的风湿性关节炎是由类风湿因子（抗自身IgG的抗体）和那些已与抗原结合并暴露出新的抗原决定簇的IgG形成免疫复合物并沉积于关节组织所致。自身免疫性甲状腺炎、实验性变态反应性脑炎、溃疡性结肠炎等都是Ⅳ型变态反应性自身免疫病。
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