存在于动物各种有核细胞表面，对同种异体移植物起排斥作用的主要抗原。又称移植抗原。用同种异体组织或器官进行移植，可引起免疫排斥反应，其强度取决于供体和受体间组织相容的程度，亦即与两种组织间抗原差异的程度有关。强抗原差异则反应强，反之则弱。能导致免疫排斥的强抗原为主要组织相容性抗原，弱抗原为次要组织相容性抗原。该抗原系统复杂多样，是决定细胞生物学个性的重要遗传标志。在自然群体中很难找到细胞膜抗原完全相同的个体，只有基因型完全相同的纯系动物或同卵双生动物间才可以互相移植而不引起排斥反应。

主要组织相容性抗原在白细胞上最易查出，因此通常以动物英文名首字母加L（leukocyte，白细胞）和A（antigen，抗原）来表示。如犬为DLA，猪为SLA，牛为BoLA，绵羊为OLA，山羊为GLA，马为ELA，人为HLA等。小鼠的H-2和鸡的B前曾用来表示血型抗原，现用以表示组织相容性抗原。目前已对数十种动物进行了研究，其中以人的HLA和小鼠的H-2研究得最为深入。已知这是一种结合在细胞膜上的糖蛋白分子，分子量为6万，由一条重链（分子量为4.5万）和一条轻链（β₂微球蛋白，分子量为1.2万）所组成（图）。

该抗原通过主要组织相容性复合体（major histo-compatibility complex，MHC）而遗传。该复合体由一组不连续的基因组成，为高度多态性的遗传系统。MHC的结构基因可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ等主要类群，组织相容性抗原为Ⅰ类基因的产物。一种动物可以有数个Ⅰ类基因位点，每一位点上又有一系列等位基因，每个等位基因编码一种抗原分子。如SLA的Ⅰ类抗原有A、B、C3个位点，约有30个等位基因；H-2有K、D等位点，约有56个等位基因。

巨噬细胞膜上Ia分子和组织相容性抗原

动物组织相容性抗原及其基因位点

Ⅰ类基因是共显性的，来自父母的基因均能表达。以小鼠为例，H-2的Ⅰ类基因位点为K、D，假定有两个H-2位点为纯合子的小鼠品系（H-2a/H-2a和H-2b/H-2b），其H-2抗原分别为11（K）、4（D）和33（K）、2（D）。则其杂交后代为杂合子（H-2a/H-2b），其抗原型为11（K）、4（D）、33（K）和2（D），这就是说有2个Ⅰ类位点的动物，在其细胞膜上可检出2～4种Ⅰ类抗原分子。

Ⅰ类抗原可以特异性抗血清检定，故称为血清学鉴定抗原；在免疫应答中主要限制细胞毒T细胞（Tc）的细胞杀伤效应，使体内受病毒感染或癌变的靶细胞得以迅速有效地清除，但不能杀死非同源的细胞。

MHCⅡ类基因是控制淋巴细胞增生和相互作用的基因，与免疫应答有关，称为免疫应答基因（immune respose gene，Ir gene），它所编码的蛋白质称为I区相关抗原（I region associated antigen），简称Ia抗原（Ia antigen），分布在巨噬细胞和淋巴细胞表面。只有带Ia抗原（Ia^＋）的巨噬细胞才能将抗原提呈给辅助性T细胞（T_H），T_H在识别巨噬细胞上的抗原并将抗原信息传递给B细胞时，均需通过联合识别或双重识别的过程，同时识别巨噬细胞和B细胞上的Ia抗原。Ir也是一组多态性遗传系统，有的对广谱抗原具应答性，有的则仅对特异性抗原具应答性。经实验，已确定小鼠具有40个以上针对各种相应抗原的Ir基因，无相应Ir基因的个体则对该抗原呈无反应性或低反应性（非应答者）。Ⅱ类抗原可通过混合淋巴细胞培养法检查，称为淋巴细胞检定抗原，对移植物排斥和移植物抗宿主反应有强刺激作用。

MHCⅢ类基因主要编码补体成分C₁、C₂和C₃以及淋巴细胞上的C₃受体，即编码这些蛋白质的大分子的前体分子，后者裂解后即为功能性补体成分。

MHC的某些基因型与动物的抗病性和生产性能有一定相关性。如猪的SLA^20/4/5单型体（纯合子）与高繁殖性能相关，因而中国梅山猪中这一单型体出现的频率即很高。此外如公猪睾丸大小和性激素水平与SLA^25/13/19呈正相关，而与SLA^13/9/7呈负相关；鸡的B²¹单型体对马立克氏病有抵抗力；B²单型体对淋巴白血病有抵抗力；而B¹单型体鸡育成率低，对马立克氏病高度易感，并且对鸡白痢沙门氏菌和人血清白蛋白等抗原的反应性很差。显然，以某种主要组织相容性抗原作指标，用于抗病品系和优良性状的选育是很有前途的。检测该抗原除应用常规免疫学方法外，还可应用基因探针进行DNA-DNA分子杂交（sonthernblot），后者已建立了可供群体遗传分析的数学模式。