实验用大鼠、小鼠、豚鼠、仓鼠和沙鼠等动物的寄生虫主要有：鞭毛虫、孢子虫、球虫、脑胞内原虫、蛲虫、绦虫和螨、虱类。

鼠六鞭毛虫或鼠称螺核原虫，广泛存在于小鼠、裸鼠、大鼠、仓鼠和各种野生啮齿类中。通常仅在刚离乳小鼠中可显现临床征候。以滋养体寄生于鼠的前段小肠腺窝。虫体呈梨形，有两个前核，两个生毛体，共8条鞭毛，其卵形包囊散布在大、小肠腔内，随粪排出体外，对环境有抵抗力，经粪、口途径传播。发病鼠精神呆滞，消瘦、腹胀、腹泻，幼鼠可大量死亡（20～50%）。以0.04～0.1%二甲硝基咪唑饮水，可防治。鼠贾第鞭毛虫，寄生于小鼠、大鼠、仓鼠及各种野生啮齿类的前段小肠。滋养体呈梨形，两个前核，两个生毛体，四对鞭毛，与六鞭虫的区别是形体明显较大，且具有吸盘。征候、病变及防治同六鞭毛。

孢子虫类，镰形艾美球虫寄生于小鼠大肠上皮细胞内，严重侵袭时发生腹泻、卡他性肠炎、肠上皮脱落和出血等征候。由卵囊经粪、口途径传播。豚鼠艾美球虫，对豚鼠具有宿主特异性，是豚鼠群中最重要的寄生虫，一般只是带虫状态，大批侵袭可导致盲肠炎和结肠炎，发生下痢、厌食、昏睡、以至死亡。

兔脑胞内原虫是鼠类和兔、犬都可感染的一种微孢子虫。主要侵袭脑和肾组织，以孢子体经尿液排出体外而传播。小鼠可发生淋巴细胞脉络丛脑炎和灶性坏死性肝炎，肾脏未见病变，尚无有效防治方法。

犬氏肺孢子虫是普遍存在的一种条件致病性寄生虫。多种哺乳动物都可成为带虫宿主，主要侵犯肺部，在宿主体质减退时可出现临床性肺炎征候。用磺胺嘧啶和乙嘧啶防治，效果良好。

阿米巴原虫类：阿米巴原虫寄生于小鼠、大鼠、仓鼠、沙鼠及其他野生啮齿类动物的盲肠、结肠内。普通级鼠类中发病率高。成虫与大肠埃希氏菌极相似，滋养体很大。一般无致病性。

鼠类中十分顽固的常见蛲虫有隐藏管状线虫，各种啮齿类动物均可发生，以小鼠为主；小鼠管状线虫，在各种啮齿类中寄生，以大鼠为主；四翼无刺线虫在各种啮齿类中寄生，以小鼠为主；人蠕形蛲虫，有时侵袭沙鼠，主要在宿主后部肠道寄生，以粪、口途径传播，一般保持共生状态，无临床发病征候。

短小膜壳绦虫是啮齿动物常见的寄生绦虫，以仓鼠为甚，俗称短膜壳绦虫；沙鼠中也常见，对人类有较强致病力。长膜壳绦虫，在啮齿类动物中感染状况一般不如短小膜壳绦虫，主要见于大鼠和仓鼠，其感染程度仍与卫生管理水平密切相关，对人类的威胁则大于短小膜壳绦虫，俗称长膜壳绦虫。巨颈绦虫及其幼体链尾蚴，以猫为终末宿主，主要以大鼠为中间宿主，幼体对多种哺乳类包括人类威胁较大，主要侵入肝脏形成小包囊。

侵袭啮齿动物的代表种有：豚鼠背毛螨是一种皮毛螨；豚鼠毛粉螨属疥螨，常见侵袭豚鼠。仓鼠与沙鼠中有蠕形螨属寄生于表皮或毛囊内。小鼠中有鼠肉螨、鼠癣螨和相似瑞德佛螨，均是皮毛螨；大鼠中有具剑瑞德佛螨，属皮毛螨。均以与感染宿主及其脱落被毛、皮屑或垫料直接接触而传播。在卫生管理水平不良时，很容易蔓延，重度侵袭可发生疥痒、脱毛、被毛逆乱、皮炎等征候，有多种杀虫剂，可经药浴或洒粉以防治。

常与螨类共存。在豚鼠中有豚鼠长虱、豚鼠羽虱，以吸吮体液为生。小鼠中有锯缘鳞虱，吸吮体液。大鼠中有刺鳞虱，吸吮型。传播和防治方法同螨类。