在病原菌侵染植物或发病以后施用杀菌剂，抑制病菌的生长或致病过程，使植物病害停止发展或使植株恢复健康的作用。

根据杀菌剂作用部位的不同，可分为表面治疗作用、内部治疗作用和外部治疗作用。①表面治疗作用：杀菌剂只能杀死附着于植物和种子表面的病菌或抑制其生长。如用硫制剂防治多种作物的白粉病就是一种表面治疗作用。因为白粉病菌是以吸胞伸入寄主表面组织为害植物的，孢子大部分裸露在叶片表面，只要杀死叶面的病菌孢子，就能达到治疗目的。②内部治疗作用：杀菌剂能渗透到植物内部并传导到其他部位，对病菌直接产生毒力或影响植物代谢，抑制病菌的致病过程，使病害减轻或消除。目前大部分内吸杀菌剂都具有此种治疗作用。如用多菌灵防治多种作物的枯萎病、叶斑病等，用粉锈宁防治多种锈病，用稻瘟净防治水稻稻瘟病等，都是利用其内吸治疗作用。内吸治疗药剂既可进行种子处理、土壤处理，也可进行叶面喷洒。由于具有内吸传导作用，喷布施药时不一定要求像保护性杀菌剂那样均匀周到。内吸性杀菌剂多数均具有保护和治疗的双重作用，因此在施用方法上与保护性杀菌剂无多大差别。③外部治疗作用：将被病菌侵染的树干或枝条用刀子刮去病部，然后用杀菌剂消毒，再涂上保护剂或防水剂，以防止病菌再次侵染。目前对苹果腐烂病的防治主要是采用这种方法。常用波尔多浆作保护剂，配方是：将硫酸铜、生石灰、动物油和水按1∶3∶0.4∶15的比例混合配制而成。有的果园也用有渗透或内吸作用的杀菌剂直接涂在刮去树皮的病斑部位。例如用砷制剂田安或多抗霉素防治苹果腐烂病也能收到较好效果。