用于制备用途的色谱技术。根据所使用的技术一般可有制备气相色谱（preparative gas chromatography，PGC），制备薄层色谱（preparative thin-layer chromatography，PTLC），制备高效液相色谱（preparative high perfermance liquid chromatography，PHPLC）和柱层析色谱（column chromatography）。制备色谱的主要目的是获得少量的纯化合物，但柱层析色谱由于成本低，可得到较大量化合物，已用于某些医药和农药的工业生产中。（见彩图61）

制备色谱技术与分析色谱技术原理完全相同，且以分析色谱为基础，但又有不少差别。其主要特点是：制备气相色谱要有良好的气体液化收集系统。制备薄层色谱可用于对紫外光有吸收的化合物，薄层的厚度较分析用薄层厚。制备液相色谱差别有4方面：①色谱栓尺寸一般较大，填料较多较粗，压力也相应变化；②溶剂的纯度要更高，每次使用前须用He气除去气泡，以防小颗粒进入；不能用醚类溶剂（或混合物）作洗脱剂；③检测器的选择更严格。如当被分离的化合物对紫外光无吸收时，就不能用紫外检测器，只能选用折光检测器（refractive index detector）；④分离能力强。可以分离极性差异较小，其他方法（甚至包括TLC）难以分离的成分，但成本也很高，因此事先应尽可能用其他方法，将极性差异大的杂质分离出去和除去悬浮在混合物中的微小颗粒。制备柱色谱（柱层析色谱）克服了柱色谱技术中存在的分离速度慢和洗脱剂可逆吸收等缺点，是在真空或压力下进行的柱色谱分离，分别称为真空液相柱色谱（vacuum liquid chromatography）和快速液相色谱（flash chromatography）。（见）