生物个体间能明显划分成组的、非连续变异的性状。在形态、生理、生化等方面都有这样的性状，例如大豆的紫花和白花，向日葵的分枝和不分枝，动物的性别，人类的血型，谷类作物的一些品质性状、主基因抗病性等。

质量性状是由一个或少数几个主效基因决定的，受环境的影响较小，在二倍体生物中，主效基因的等位基因有显隐性的区别，其所决定的相对性状也有明显的显隐性区别。显性可分完全显性、不完全显性和共显性三种。大豆的紫花是完全显性；像金鱼草的红花、白花属于不完全显性。F₁的花色为粉红色，F₂分离出红、粉、白三种花色，彼此区分明显；决定人类血红蛋白类型的复等位基因包括Hb^A、Hb^S等，各自使血液中产生A（正常）、S（导致镰刀形红细胞贫血症）等型血红蛋白，而在Hb^AHb^S个体中则A、S两型血红蛋白均存在（部分红细胞为镰刀形，但无严重贫血症状），说明这些基因间无显隐性关系，任何一基因均在表现型中表现，称为共显性。主效基因控制的性状的表达，也有受环境影响较大的事例。例如小麦抗秆锈菌的基因Sr6，在温度为18℃以下时为显性，当温度高于24℃时变为隐性。

质量性状的研究方法，主要沿用孟德尔所采用杂交后代和回交后代的分析法（见孟德尔定律）。所用亲本只涉及到一个位点上的两个等位基因或另一个位点上的另两个等位基因，例如A、a或B、b。20世纪80年代广泛用于遗传分析中测定基因效应的等基因系（isolines，即除一个位点的等位基因有差别外，其遗传背景相同的近交系），消耗遗传背景对某一基因效应的影响，易于取得基因型与表型的明显对应关系。作物育种中的许多有价值的性状是质量性状，例如禾谷类作物的半矮生性、主效基因抗病性等。通过杂交或回交的办法，使有利的基因进行重组，结合到一个基因型（品种）里去，可得到具有高产稳产抗病等优良特性的品种。