根据真菌个体发育全过程的形态特征进行的分类。

真菌的分类多年来按有性繁殖特点将其分为三纲一类，即藻状菌纲（Phycomycetes）、子囊菌纲（As-comycetes）、担子菌纲（Basidiomycetes）和半知菌类（Fungi Imperfecti），与藻类组成菌藻植物门（Thal-1ophyta）隶属于植物界。近年来，较为普遍被接受的生物界级分类系统是威塔克（R.H.Whittaker，1969年）提出的五界分类，即将真菌独立一界。按安思沃斯（G.C.Ainsworth）的《真菌辞典》第七版（1983），分为粘菌门（Myxomycota）和真菌门（Eumycota）。在真菌门下分五个亚门，鞭毛菌亚门包括壶菌纲（Chy-tridiomycetes）、丝壶菌纲（Hyphochytriomycetes）和卵菌纲（Oomycetes），接合菌亚门包括接合菌纲（Zygomycetes）和毛菌纲（Trichomycetes），子囊菌亚门，担子菌亚门，含层菌纲（Hymenomycetes）、腹菌纲（Gasteromycetes）、锈菌纲（Urediniomycetes）和黑粉菌纲（Ustilaginomycetes），半知菌亚门含腔孢纲（Coelomycetes）和丝孢纲（Hyphomycetes）。

新的分类系统变动最大的是取消了藻状菌纲，根据能否产生游动孢子分别归入鞭毛菌和接合菌两个亚门中，子囊菌亚门下的纲的划分近年来颇多争论，故在《真菌辞典》第七版（1983）中不再列纲这一级分类单位，而直接分列37个目。

近年来，由于真菌细胞生物学、生物化学和分子遗传学的进展，探索了各不同真菌种的细胞壁组分、核DNA的GC比、同源序列、基因组大小、线粒体基因组和酶系统等方面问题，对真菌分类有很大促进。