亲缘远的个体间的交配，包括种内种间亲缘关系较远的个体之间交配。种间交配又称远缘杂交。

远亲交配的遗传效应恰与近亲繁殖相反，近亲繁殖导致基因型纯合化，而远亲交配则因亲本的基因型差异较大，导致基因型杂合化，以第一代的杂合化程度最大，在自交条件下，基因型杂合逐代减少。例如两个不同的自交系AA和aa杂交，杂种第一代全部个体都是杂合体Aa，杂种二代则为AA∶Aa∶aa，A和a的基因频率相等，以后保持随机交配的情况下，基因频率和基因型频率保持不变。如果是两个群体交配，一个群体里两个等位基因频率p₁和q₁（p₁＋q₁）＝1，另一个群体里基因频率为p₂和q₂（p₂＋q₂）＝1。两个群体杂交产生F₁，F₁杂种的基因型频率将是（p₁A＋q₁a）（p₂A＋q₂a）＝p₁p₂AA＋（p₁q₂＋q₁p₂）Aa＋q₁q₂aa。在F₁中A基因频率是p₁p₂＋（p₁q₂＋q₁p₂）＝，a的基因频率是q₁q₂＋（p₁q₂＋q₁p₂）＝。因此，三种基因型的比例在随机交配一个世代后，将分别是、2_pq和。并且在后续世代中只要保持足够大的群体和随机交配，基因频率和基因型频率在各世代不变。三种基因型的值设为d，h和-d，不同世代各基因型频率（见表）。

随机交配下一对基因差别的基因型频率

远缘杂交是远亲交配的极端形式，一般发生于不同物种间的个体交配。自然界的物种是生物长期进化的产物，由于遗传变异、选择和隔离等的作用，物种间不仅有明显形态、组织和生理生态上的分化，遗传组成和细胞结构上也有一定的差异。种间杂交常表现生物学上的不协调，杂交不育或杂种不育多由基因相互作用和染色体的差别造成；远缘杂种后代分离世代长，不易稳定，性状分离广而复杂。

远亲交配的F₁代常表现出杂种优势，因此在动植物育种上广为利用。在农作物中，异花授粉作物如玉米，常异交作物如棉花和自交作物如水稻、小麦等，都可利用杂种优势，但都得提高杂交制种的效率。此外，远亲交配能丰富动植物品种的遗传基础，有利于培育优良品种。但是，远缘杂交必须解决因生殖隔离造成的困难（见不亲和性）。