在天然授粉情况下，雌蕊依靠来自同花雄蕊上的花粉完成授粉受精的蔬菜作物。如豆科、菊科、茄科的大多数蔬菜。这类蔬菜由于开花特性和花器结构的原因，一般情况下其他花朵的花粉几乎不能落到柱头上，或者在花朵完全开放前已完成了自花授粉。如豆科蔬菜在正常条件下于开花前1～2天花药成熟开裂，花粉散落在柱头上，完成闭花受精，开花后龙骨瓣仍紧密地盖住花药和柱头，也阻碍了异交。番茄花药侧壁联结成药筒，雌蕊被包围在药筒中央，成熟的花药，面向雌蕊的一边纵裂，花粉落到柱头上。莴苣花的柱头与花药联生，雌蕊从花药药柱向外突出时花药裂开，柱头伸向裂开的花药，花粉落在柱头上，完成自花授粉。

自花授粉特性有时也受外界条件影响。例如菜豆在天气晴朗、气温较高的年份和地区，可出现13%左右的异交率。在苏联东南部，豌豆可出现异花授粉结实。有的番茄品种在高温、空气干燥条件下，柱头伸长露于药筒外，约产生5%的异交率。

自花授粉蔬菜由于长期自交，品种内各个体基因型基本纯合，遗传性较稳定，性状较一致；但偶然也会出现异交或发生突变。因此，在繁殖自花授粉蔬菜时，仍需选择优良纯正的植株进行自交繁殖。这类蔬菜由于长期自交及自然选择的结果，一般在多代自交繁殖后自交退化不明显。因此，在杂交育种中对杂交后代通常采用连续单株选择法，经5～6代自交选择，就可得到遗传性稳定的株系，从这些株系中选出最佳系，即可成为新品种。由于不同类型、品种的纯系间杂交可产生一定的杂交优势，也可采用一代杂种育种，特别在茄科蔬菜上应用较多。由于其自交习性，一代杂种制种一般采取人工去雄和人工授粉。也有一些研究单位虽选出了一些雄性不育系，但一般只能省去人工去雄的手续，加之育成可作优良亲本的雄性不育系比较困难，因此在制种生产上应用较少。自花授粉蔬菜在进行杂交或配制一代杂种时，要及时去雄，以防自交；繁殖种子时，不同品种间应适当隔离（特别是原种繁殖），以保证种子的纯度。

配子体型不亲和、孢子体型不亲和模式图