按一定生产程序。利用成套设备和技术控制调节环境条件以满足食用菌生长需要，周年生产食用菌的部门。食用菌工厂分为菌种工厂和食用菇类工厂两类。

战本设施有隔热培养房、高压蒸汽灭菌锅、无菌冷却室、无菌接种室、无菌接种机、拌料机、装瓶或装袋机、麦粒筛选机和麦粒浸泡设备、麦粒蒸煮锅、加温、降温设备、通风控制系统等。菌种生产工艺（以蘑菇菌种生产为例）：①培养料制备。将谷粒（小麦、大麦、黑麦、谷子等均可）筛选去杂，置水中浸泡12小时，吸胀后煮10～15分钟（使之含水50%左右），取出沥干，再均匀拌入2%石膏，装瓶（也可装入塑料袋）、塞紧棉塞，置1.5公斤/平方厘米蒸汽压力下灭菌2小时，移入无菌冷却室，用过滤冷风冷却。②接种培养。培养料冷至25℃以下，转入无菌接种室接种，随即转入培养室（适温为25℃左右）培养20～25天，瓶（袋）内可长满菌丝。③包装及贮藏。将瓶（袋）中菌种倒入（需无菌操作）塑料袋中包装，叶直接使用或在2℃低温下保藏1～3个月。香菇木屑菌种生产过程和方法基本同上，只是培养料为木屑（78%）、米糠（20%）、白糖（1%）、石膏（1%），含水量62%左右。

主要有蘑菇工厂、金针菇工厂等。

蘑菇工厂

基本设施有隔热保温栽培房、防锈床架（或菇箱）、稻草预湿池、堆料场地、履带式拖拉机、铲车、翻堆机、后发酵室、装料机、播种机、通风设备、加温与冷却系统。建厂投资较大。

蘑菇生产的主要工艺：①培养料制备。使粪草吸足水，预堆5天左右，待粪草发酵变软，堆成2米宽、1.5米高的料堆。隔3～4天翻堆一次，同时每堆加入石膏粉（加入量为干料重的2%）。翻堆可促使微生物生长繁殖旺盛。堆12天左右，置后发酵室发酵。开始料温升到60℃左右，维持4～8小时，逐步降至50℃左右，维持4～7天。②装床播种。将后发酵的培养料铺于床架上，每平方米装料100～120公斤，厚20～22厘米。随即用谷粒菌种均匀播种、压平。③发菌管理。菌种经15天左右的生长，可长满培养料，此时用泥炭土或粘土覆盖床面，覆土厚约4厘米。然后，经过调节水分，菌丝迅速长入覆土层。④出菇管理。菌丝长入覆土层，逐步使菇房温度调至18℃左右，同时增加湿度和通风量，菌丝讨迅速纽结现蕾。菇体很快长大，达到采收标准。⑤出料。采收4～5潮（次）菇，料内营养耗尽，蘑菇产量减少，此时需出料。出料前需加温至65～70℃消毒灭菌。

金针菇工厂

除需菌种工厂的设备，还需子实体培育及包装、贮藏等设施（如搔菌机、催蕾室、抑制室、出菇室、运输机械、包装机械及冷藏室等）。主要生产工艺如下：①培养料制备。采用木屑、棉子壳、米糠（麸皮）培养基，按配方称料，在拌料机内边加水，边拌合。拌匀后装瓶，在中间位置自上而下打一锥形小洞，便于通气和接种，盖紧瓶盖，置1.5公斤/平方厘米蒸汽压下灭菌1.5小时。②接种。培养料冷至25℃以下，按2%左右的接种量接种。③发菌。接种后，置温度18～20℃、空气相对湿度70%左右的培养室培养25天左右，叶长满菌丝。④搔菌（除去老菌种）。长满菌丝需及时搔菌，使料面平整，以利出菇整齐。⑤催蕾。搔菌后，立即置黑暗的催蕾室，温度需13～14℃，空气相对湿度85～90%，经10～14天可长出大量小子实体。⑥抑制。当菌柄伸长3～5厘米，菌盖达1厘米左右，将瓶转入抑制室（温度控制在3～4℃，空气相对湿度80%左右），进行通风抑制，使菇丛整齐。通风需先弱后强，开始2～3天的风速15～20厘米/秒；以后2～3天的风速为45～50厘米/秒；菇丛长至瓶口时，风速80～100厘米/秒。⑦出菇。当菇丛长出瓶口时，转入出菇室，温度为6～8℃，空气相对湿度70～85%。菇丛长出瓶口2～3厘米时套上纸筒，使菇丛生长整齐，并需控制菌盖发育。⑧收获、包装和贮藏。金针菇长到13～14厘米，菌盖1厘米采收。除去菇柄基部的培养料和小菇体后，装袋、抽气、封口。可立即进入市场，或低温保藏。