一个国家或地区设置专门机构，制定专门法规，对进出本国或本地区的农作物种子（包含苗木、块根、块茎等）进行检疫，以防止危险性病原菌、害虫、线虫、杂草种子等随种子传入或输出的措施。是植物检疫的重要组成部分。

世界许多国家对种子检疫均很重视，根据各国情况制定出各自的检疫法规和检疫对象名单。一般而论，凡能随种子苗木远距离运输传播并在国内（或地区内）尚未发现或分布不广的，或对农作物危害很大而不易防治或消灭的有害生物均应属检疫对象。

中国于1957年10月颁布了“国内植物检疫对象名单”，其中大田作物病害有：水稻白叶枯病、水稻干尖线虫病、水稻恶苗病、小麦线虫病、小麦腥黑穗病、甘薯黑斑病、马铃薯粉痂病、马铃薯黑胫病、棉花枯萎病、棉花黄萎病、红麻炭疽病、亚麻斑点病及花生线虫病等13种。1966年9月又颁布了“进口植物检疫对象名单”，其中大田作物病害有：水稻茎线虫病、小麦矮腥黑穗病、棉花枯萎病、棉花根腐病、黄麻茎腐病、红麻炭疽病、马铃薯癌肿病、马铃薯金线虫、马铃薯黄化矮缩毒病、甜菜锈病和烟草霜霉病等11种。1982年6月颁布了《中华人民共和国进出口动植物检疫条例》，是现行种子检疫的法律依据。

种子检疫分为口岸检疫和国内检疫两部分。

在国际交通要道的港口、机场、车站等设立检疫机构进行口岸检疫。从国外引入种子、苗木的单位和个人，事先须取得主管单位的同意，并在当地植物检疫部门填写《进口种子、苗木检疫申请单》，经检疫部门审批后，才可办理进口手续。种子、苗木到达口岸时，需出示输出国授权检疫机构对规定的检疫对象和其它危险性病、虫、杂草检疫结果的证明书。然后由国内负责国外检疫机关进行检疫，对未发现检疫对象的种子、苗木允许输入；如发现有检疫对象，须进行切实有效的药剂消毒处理，无法消毒处理者应退回或销毁。为防止已经允许输入的种子、苗木可能携带有潜伏的危险性病、虫、杂草的传播，须按检疫机构的规定，在指定地点集中隔离试种。一年生作物试种期不得少于一个生长周期，多年生作物不得少于两年。隔离试种期间，经检疫机构定期检查，证明确实不带检疫对象方允许分散种植。如发现有病，应立即销毁。输出或寄往国外的种子亦应送往检疫机关，按接受国检疫对象名单进行检疫，经检疫未发现检疫对象时才能出具检疫证书，允许输出或邮寄。

由检疫机构根据国家颁布的国内检疫对象，把国内已发生危险性有害生物的局部地区划为疫区，严格禁止从疫区调出或寄出携带有害生物的种子，并采取积极措施进行防治。地区之间调运种子，调入单位须事先征得本地检疫机构的同意，提出检疫要求，由调出单位所属地区的检疫机构检疫合格后发给检疫证书，准予调运或邮寄。不合格的不准调运。交通运输和邮政部门凭检疫证书调运和邮寄。种子繁育单位应在无检疫对象地区建种子繁育基地。选址前应征得当地机构的同意。在作物生长期间由检疫机关进行产地检疫。已发现检疫对象的繁种单位须采取有效措施消灭有害生物。经检疫合格后方可调运种子。