具有生活力的树木种子，在适宜萌发的环境条件下，由于种子本身原因而出现不萌发的现象。种子休眠是树木长期适应环境的一种能力。在温带地区的树木种子成熟后，常由于冬季低温不利于幼苗的继续生长发育，而具有休眠习性。休眠后在第二年春天温度合适再行萌发，这样对幼苗的生长和树木种族繁衍是有利的。

种子休眠可分为物理性休眠和生理性休眠两类：

①种子物理性休眠：是种子胚以外物理的原因所致。又可分为两类：一类是种皮不透水，如豆科中的刺槐、合欢、皂荚等，需经过处理（如温水浸泡、机械擦伤、浓硫酸浸种等），使种子充分吸水才能萌发；一类是种皮不透气，得不到充足的氧气，需要高的氧分压处理才能萌发。②生理性休眠：是由于种子胚本身的原因所造成。也可分为两类：一类是种子离开母树后，外观上已经成熟，但胚在形态上还未发育成熟，如银杏，需要一段继续发育的过程，种胚充分成熟后才能萌发：一类是种子在离开母树时胚已发育完全，需要经过一段后熟期才能萌发。不同种子后熟期的时间长短和要求条件不同，一般只需在干燥条件下贮藏1～3个月（即一个冬季），但有的需要低温（0～5℃）层积沙藏（见层积催芽）和较长的时间，如红松种子需要层积一年多才能萌发。绝大多数种子休眠是在母树上原发产生的，称为初生休眠。有些种子是在离开母体后，受到高温等不良因子诱导产生的，称诱导性休眠或次生休眠。次生休眠通常是生理性的休眠。

种子的生理休眠，大部是由于种子中存在抑制剂引起的。由于抑制剂存在的部位不同，有的在果皮或种皮中，有的在胚或胚乳中。现在已分离得到多种抑制剂，如香豆素、脱落酸、生物碱、有机酸、酚类等物质。此外，还由于促进生长的内源激素，如赤霉素、细胞分裂素等不足，也会导致种子不能萌发。在自然条件下，经过雨水的淋洗，微生物的作用，以及低温等条件，种子内部的酶活性、酸度、呼吸强度等发生一系列变化，使抑制物降低，同时赤霉素等激素增加，从而解除种子休眠。同样人为的给种子流水淋洗、温水浸种、低温层积催芽或用赤霉素和硫脲处理等方法，亦能打破种子休眠，促进种子萌发。此外有的需光种子在萌发时需要一定波长的光或日光照射后才能萌发，这是由于光敏素在接受光后变成生理活跃状态，从而导致种子一系列生理变化，解除种子休眠的结果。