由真菌引起的林木病害。它是林木病害中为数最多、危害最重的一类病害。世界著名的毁灭性林木病害绝大多数是真菌引起的。在林木病理学中，真菌病害的研究开展最早。19世纪后期有关树木腐朽等问题的探讨，初步阐明了真菌活动与树木病害的关系。20世纪初，五针松疱锈病、板栗疫病、榆荷兰病等真菌病害在欧美各国的流行，大大促进了对林木病害的研究。这些研究成果为现代林木病理学的建立奠定了基础。

绝大多数真菌病害为局部性病害，病菌的菌丝体及其影响所及的范围只局限在侵染点附近。白粉病、锈病、立木腐朽以及真菌性叶斑病、溃疡病均属此类型。少数真菌病害如榆荷兰病、栎枯萎病等则是系统性的，病菌的菌丝体和孢子在寄主林木的维管束内蔓延，扩散于全植株，因而引起整株发病。无论哪种类型的真菌病害，它们的共同特征是病害后期，病部表面（少数情况是组织内）将出现真菌的繁殖体、营养体或休眠体。以此可区别于其他原因所致的病害。

真菌病害的发生开始于孢子或其他接种体与林木的接触。到达林木体表的孢子萌发后，芽管通过气孔、皮孔等自然孔口或各种伤口侵入体内。有的真菌芽管可以直接穿透林木体表的保护组织而侵入。病菌以菌丝体在林木体内扩展，剥夺寄主的营养物质，诱发反常的生理活动，杀死细胞或刺激细胞作过度分裂、生长。这种扩展通常是局部的。因此林木的真菌病害一般也表现为局部病害。病害的发生除受林木抗性和病菌侵染力的制约外，受森林环境的影响极大。林木病害大都发生在高湿和温暖的条件下。大多数病菌的孢子萌发所需要的湿度在96%以上，有些则需要自由水的存在。只有少数病菌的孢子可以在较低的湿度条件下萌发。发病的适温因病害种类而异。对大多数真菌病害来说，15～27℃间的温度都是合适的。过高的温度往往会阻碍病害的发展。气温达30℃以上时，对五针松疱锈病、毛白杨叶锈病以及某些枝干溃疡病都有抑制作用。森林的其他环境因素，特别是林木体表微生物群落对真菌病害的发展也有重要的影响。从病菌孢子萌发到林木表现出症状，重新产生下一代接种体所需时间约1～2周，但因病害种类不同而有很大差异。有的白粉病和锈病可短至2、3天，有的病害则长至数月，甚至1年以上。短周期的病害在一个生长季节里大都可以重复发生若干次。而长周期的病害一般每年只发生1次，或数年才一个周期。

病害随病菌接种体的扩散而发展。在自然界，病菌的接种体主要依靠气流、雨水、昆虫等进行传播。病原真菌能产生大量的、轻微的孢子，适于为各种介体所传带。接种体被动传播的距离一般可达数十米至数百米，偶尔甚至可达数百公里。埋在胶状物中的孢子往往需要依靠风雨的协同作用来传播。雨水溅打在胶状物上，变成带孢子的飞沫，然后随气流飘散。飘散的范围多不超过数十米。昆虫也是病菌的传播介体。昆虫在病部爬行、取食时，病菌孢子即可附在其体表而传播。人类的林业和商业活动也是传播病害的重要因素。病菌的各种接种体可随种苗和林产品的运输而传播到很远的地方。不少林木毁灭性真菌病害的洲际传播都是人类活动所造成的。

在林间，真菌病害具有明显的侵染中心。病害从中心逐渐向外扩展。根白腐病和根朽病经多年持续扩展，可在林内造成大片的感病区。许多枝干病害，如松干疱锈病、枝干溃疡病和立木腐朽等，一旦在林分内定殖下来便不易自然消失，染病林木的数量与年俱增，发病范围也从侵染中心逐年扩大。

真菌病害的防治方法取决于林分状况及侵染循环的特点。选育抗病品种是当前世界上防治毁灭性多发性真菌病害的主要措施之一，已在榆荷兰病、松疱锈病、杨叶锈等许多病例中取得显著成效。化学防治法广泛使用于苗圃、幼林和经济林。目前各国制造的防治病害的农药中，绝大多数是针对真菌性病害的。硫素、铜素等保护性杀菌剂对真菌孢子萌发有很强的抑制作用，能有效地保护林木不受侵染。石硫合剂、波尔多液这类古老杀菌剂至今仍普遍使用。“代森”类杀菌剂也是林业上常用的药物。托布津、多菌灵、粉锈宁等内吸性杀菌剂可被植物吸收，在体内起抑制菌丝生长的作用。利用微生物防治真菌病害只在少数病例中取得实用效果。在英国、波兰等欧洲国家已大面积使用大隔孢伏革菌预防松根白腐病。改善营林措施是各种林木病害防治的基础。为了防治某些类型的病害须采取特殊的营林措施，例如：铲除转主寄主以防治目的树种的锈病；人工更新前清除或用化学、生物方法处理伐桩以减轻根病；盛夏搭棚遮荫以预防银杏茎腐病等。