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次生代谢产物广泛用于生产药物、化妆品、食品添加剂等，但是在天然植物中它们的含量很低。
利用转基因技术将蔬菜、水果通过基因工程技术变成天然药物或功能食品以及产生大量有医用价值的蛋白或疫苗。
利用转基因植物作为生物反应器，科学家们正在探索生产产品，如生物降解塑料、工业用润滑剂和洗涤剂等大量化工产品。
Calgene公司已经用转基因油菜生产工业用润滑剂和12-碳的脂肪酸来生产洗涤剂。
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